基于类风湿关节炎的基因表达芯片的差异分析  

作　　者：陈璞 

机构地区：[1]东莞市第八人民医院,广东东莞523000

出　　处：《广西中医药大学学报》2021年第1期122-126,共5页Journal of Guangxi University Of Chinese Medicine

摘　　要：[目的]寻找类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)新的特异性表达标记物,探索RA的发病机制。[方法]从NCBI上的GEO数据库下载GSE55235数据集,然后通过预处理以及R语言limma分析后得出表达差异基因。通过cluster Profile包对表达差异基因进行基因本体论(GO)和京东基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。最后对表达差异的基因进行蛋白互作网络分析。[结果]通过对10个正常样本和10个疾病样本进行比较,共筛选出876个可能与RA发病机制有关且表达差异有统计学意义的基因(差异倍数>1,P<0.01),其中536个表达上调,340个表达下调。差异基因主要富集在T cell activation、Leukocyte migrate、Leukocyte cell-cell adhesion、Regulation of lymphocyte activation、Antigen receptor-mediated signaling pathway、External side of plasma membrane、Tertiary granule、Membrane region、Membrane raft、Membrane microdomain、Glycosaminoglycan binding、MHC protein complex binding、Cytokine receptor activity、Cytokine binding、Heparin binding等GO分类以及Osteoclast differentiation、Leishmaniasis、B cell receptor signaling pathway、Primary immunodeficiency、Hematopoietic cell lineage、Rheumatoid arthritis、Th17 cell differentiation、Epstein-Barr virus infection、T cell receptor signaling pathway等信号通路。类风湿关节炎RA的关键基因为EGFR、CD8A、CCR7、RAC2、EGR1、PPARG、CDKN1A、CD4、ZAP70和JUN,关键基因之间存在复杂的相互作用。[结论]关键基因EGFR、CD8A、CCR7、RAC2、EGR1、PPARG、CDKN1A、CD4、ZAP70和JUN在RA患者中异常表达,可能参与了RA的发生发展。

关 键 词：类风湿关节炎 富集分析 蛋白质互作网络 

分 类 号：R593.22[医药卫生—内科学]