基于生物信息学分析自噬基因在骨肉瘤发生发展中的作用及其评估预后的价值  

作　　者：孙杰 徐建勋 姚晨 朱鸣镝[1] 张亚峰[1] 

机构地区：[1]南通大学附属医院骨科,南通226001

出　　处：《南通大学学报（医学版）》2021年第3期271-275,共5页Journal of Nantong University(Medical sciences)

摘　　要：目的:利用生物信息学分析研究人骨肉瘤细胞和正常骨细胞之间差异性表达的自噬基因,研究其在骨肉瘤(osteosarcoma,OS)发生发展中的作用及评估预后的价值。方法:从人类自噬数据库(human atuophagy database,HADb)中获得自噬基因,从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载高通量测序芯片数据GSE42352并提取自噬基因的表达数据,对差异自噬基因进行基因本体论(gene ontology,GO)分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,并通过string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPI),在Cytoscape中进行可视化分析并用其插件cytoHubba来筛选关键差异自噬基因,最后利用TCGA数据库对差异表达自噬基因在OS患者中的表达高低进行生存分析。结果:在233个自噬基因中,有12个基因在OS中差异表达,其中上调基因3个,下调基因9个。差异自噬基因可通过缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EFGR/ErbB)等信号通路实现调节OS中大自噬等生物学过程。在PPI网络中筛选出2个关键基因,为Sequestosome1(SQSTM1)和丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)。生存分析显示,DNA修复酶1[poly(ADP-ribose)polymerase 1,PARP1]、肿瘤坏死因子超家族因子10(tumor necrosis factor superfamily member 10,TNFSF10)、SQSTM1及Bcl-2/腺病毒E1B 19 ku相关蛋白3(Bcl-2 interacting protein 3,BNIP3)与预后相关。结论:BAG Cochaperone 3(BAG3)、BNIP3、BNIP3 Like(BNIP3L)、钙蛋白酶小亚基1(calpain small subunit 1,CAPNS1)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A(cyclin dependent kinase inhibitor 1A,CDKN1A)、C-X-C基序趋化因子受体4(C-X-C Motif chemokine receptor 4,CXCR4)、MAPK3、PARP1、增殖和凋亡衔接蛋白15(proliferation and apoptosis adaptor protein 15,PEA15)、蛋白磷酸酶1调节亚基15A(protein phosphatase 1

关 键 词：骨肉瘤 自噬 生物信息学分析 预后 

分 类 号：R738.1[医药卫生—肿瘤]