基于铁死亡基因喉癌预后预测模型的构建  

作　　者：孙娟[1] 杨莉娜 崔昊晶 胡文良[1] 苏琳 

机构地区：[1]内蒙古医科大学附属医院耳鼻咽喉头颈外科,呼和浩特010000 [2]内蒙古医科大学研究生学院

出　　处：《山东医药》2021年第19期71-73,共3页Shandong Medical Journal

基　　金：内蒙古自然科学基金资助项目(2017MS0838,2019LH08027);内蒙古医科大学附属医院一般项目(NYFY YB 027)。

摘　　要：目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析影响喉癌预后的铁死亡基因,建立喉癌预后预测模型。方法从TCGA下载喉癌样本的转录组数据及临床信息数据。用R语言limma包筛选喉癌差异表达基因,用R语言survival包筛选喉癌生存时间相关基因并与文献挖掘出的60个铁死亡基因取交集,获得与喉癌预后相关的铁死亡基因。用R语言survival包、glment包进行LASSO回归分析构建最佳喉癌预后COX回归模型,ROC曲线分析模型对预后的预测价值。结果共筛选出3个铁死亡基因与喉癌预后相关。PHKG2(HR=0.409,95%CI:0.199~0.842,P=0.015)、HSPB1(HR=1.842,95%CI:1.022~3.320,P=0.042)、FTH1(HR=1.708,95%CI:1.131~2.580,P=0.011)。其中,HSPB1、FTH1为高风险基因,PHKG2为保护基因。与正常样本对比,PHKG2在喉癌样本中低表达,HSPB1、FTH1在喉癌样本中高表达。该模型预测喉癌患者术后1、2、3年生存率的ROC曲线下面积分别为0.657、0.691、0.770。且随时间延长,该模型的敏感度、特异度逐渐升高。结论基于TCGA数据库共筛选出3个铁死亡基因(PHKG2、HSPB1、FTH1)与喉癌预后相关,基于以上铁死亡基因构建的模型可较好地预测喉癌患者预后。

关 键 词：喉癌 铁死亡基因 预后 美国癌症基因组图谱数据库 模型 

分 类 号：R739.6[医药卫生—肿瘤]