铅黄肠球菌CMCC(B)32220的鉴定和全基因组分析  

作　　者：石继春[1] 陈驰 梁丽 杜宗利 龙新星 郑锐 孙文媛 徐颖华[1] 叶强[1,2] 

机构地区：[1]中国食品药品检定研究院国家卫生健康委员会生物技术产品检定方法及其标准化重点实验室,北京102629 [2]中国医学细菌保藏管理中心,北京102629

出　　处：《临床检验杂志》2022年第2期116-119,共4页Chinese Journal of Clinical Laboratory Science

基　　金：国家重点研发计划项目(2018YFC1603900);医学微生物资源子平台运行与服务(NIMR-2019)。

摘　　要：目的应用多种方法对CMCC(B)32220鉴定和分析,了解其全基因组的分子特征。方法将待鉴定菌株CMCC(B)32220复苏培养后,依次进行形态学、全自动生化鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析、16S rRNA基因以及全基因序列测定,应用生物信息学方法分析其基因组基本特征,并预测基因功能、耐药性及致病性。结果经全自动生化和MALDI-TOF-MS鉴定分析菌株CMCC(B)32220均为铅黄肠球菌。CMCC(B)32220菌株与NCBI数据库中已发表2株代表性铅黄肠球菌16S rRNA基因序列相似度分别为99.4%和98.9%,而与不同肠球菌16S rRNA基因序列相似度为94.8%~98.7%。CMCC(B)32220染色体全基因组序列全长为3195952 bp,包含3054个基因,其中具有直系同源簇(COG)功能2453个,参与KEGG代谢通路1622个。而基于全基因组水平的平均核苷酸一致性(ANI)分析证实CMCC(B)32220菌株与已发表的铅黄肠球菌的ANI值为95.1%,而与其他3株肠球菌属不同种(屎肠球菌、鸡肠球菌和粪肠球菌)代表性菌株基因组的ANI值均小于80%。预测蛋白质同源性分析表明其基因组中编码2772个(占93.7%)铅黄肠球菌特异性蛋白质。其基因组仅含2种耐药基因,并存在5种对人潜在致病性相关蛋白质。结论应用多种不同原理方法成功系统鉴定CMCC(B)32220符合铅黄肠球菌特征,并获得其全基因组的基本特征资料,为细菌标准菌株提供更多背景数据。

关 键 词：铅黄肠球菌 平均核苷酸一致性 全基因组序列 标准菌株 

分 类 号：R446.5[医药卫生—诊断学]