基于网络的药物-靶标相互作用预测姜黄素相关基因表型的研究  

作　　者：侯俊 陈瑜 向姝 李毅[1] 李淑杰 

机构地区：[1]重庆市北碚区中医院肿瘤科,重庆400711 [2]重庆市急救医疗中心检验科,重庆400014 [3]武警重庆总队医院消化内科,重庆400061 [4]重庆大学附属肿瘤医院肿瘤放射治疗中心,重庆400030

出　　处：《现代医药卫生》2022年第S01期69-72,共4页Journal of Modern Medicine & Health

基　　金：重庆市科委基础研究与前沿探索(cstc2018jcyjAX0404)。

摘　　要：目的通过药物靶点网络探索姜黄素的活性靶点及其可能的作用机制。方法通过在线DrugBank数据库查找姜黄素的直接靶蛋白,用STRING数据库预测其二级靶蛋白。接着,利用DAVID(Annotation,Visualization,and Integrated Discovery)数据库对提取的直接靶蛋白和二级靶蛋白进行GO(基因本体)和KEGG(京都基因和基因组百科全书)通路分析。随后,使用Cytoscape软件中的cytoHubba插件筛选出关键基因。进一步,在UALCAN数据库中寻找关键基因mRNA水平改变对肝癌患者总生存期(OS)的影响。结果我们获取姜黄素的5个直接靶蛋白和194个二级蛋白靶蛋白的数据;通过cytoHubba插件的Cytoscape软件,筛选出10个连接度高的关键基因。选取12个KEGG通路富集分析中的2个通路即乙肝和病毒致癌通路,并将这两条通路包含的基因与前面筛选出的10个关键基因取交集,获得4个重叠基因(CREBBP、JUN、TP53和EP300)。UALCAN数据库显示,肝癌患者中高表达TP53和CREBBP表达的上调与肝癌患者较差的OS相关。结论药物-靶相互作用网络分析是探索肝癌基因-表型连接的一种系统方法。姜黄素可能通过调控CREBBP和TP53 mRNA表达影响HBV相关肝癌患者生存。

关 键 词：Drug Bank数据库 肝癌 乙肝病毒 TP53 CREBBP 

分 类 号：R73[医药卫生—肿瘤]