全基因组测序后质粒的组装与鉴定研究进展  

作　　者：苟秋凤 代富英 曹康 谢拥军 潘渠 

机构地区：[1]成都医学院基础医学院病原生物学教研室,成都610500

出　　处：《成都医学院学报》2022年第4期525-529,共5页Journal of Chengdu Medical College

基　　金：国家自然科学基金项目(No:31170007);四川省卫生和计划生育委员会科研课题(No:17PJ494)。

摘　　要：全基因组测序(whole genome sequencing,WGS)从1977年发展至今,已成为一种快速、低成本获取生物体全基因组的方法[1]。WGS可发现基因组变异,在微生物的分类鉴定中应用广泛[2]。WGS经历了三代技术革新,二代测序和三代测序的结合已成为目前最广泛的杂交测序方法[3-4]。杂交测序一方面使用长读长跨越重复序列或缺口,另一方面使用短读长纠正测序中错误的碱基[5]。GenBank数据库中完成WGS的菌株越来越多,用传统的DNA文库或PCR扩增的方法无法获得的质粒可由WGS数据进行组装,但组装质粒的正确性和完整性需要进一步鉴定和分析。

关 键 词：全基因组测序 基因组 读长 质粒 组装 鉴定 

分 类 号：R34[医药卫生—基础医学]