鸡IFITM3基因编码区克隆及生物信息学分析  

作　　者：张贝[1] 孟婕 周泽宇 张夕霏 张传生[1] 耿立英[1] 李祥龙[1] 

机构地区：[1]河北科技师范学院,河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室,河北秦皇岛066004

出　　处：《中国畜牧杂志》2022年第10期223-229,234,共8页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：河北省鸡现代种业科技创新团队优质特色燕山红玉肉鸡种质创制(21326303D-5);河北省现代农业产业技术体系蛋肉鸡创新团队遗传资源开发与利用岗位专家项目(HBCT2018150201);河北省教育厅重点项目(ZD2018034);秦皇岛市科学技术研究与发展计划(201903B001)。

摘　　要：为探究鸡IFITM(Interferon-Induced Transmembrane,IFITM)3基因SNPs(Single Nucleotide Polym orphisms,SNPs)位点的多态性,挖掘其潜在的功能性位点,本研究对鸡IFITM3基因编码区进行克隆,结合多种生物信息学方法对蛋白nsSNPs(nonsense-SNPs, nsSNPs)位点及基因的选择压力进行综合分析。结果显示:本研究克隆了IFITM3基因编码区,为414 bp,共编码137个氨基酸;该蛋白质为稳定的、非分泌型、疏水性小分子跨膜蛋白,并具有磷酸化、糖基化、棕榈酰化修饰位点。本研究发现5个SNP,其中SNP1在测序鸡种中已经固定,不具有多态性;其余4个SNP的多态性在测序鸡种的群体中存在差异,且都属于中性位点。分析发现:鸡IFITM3基因存在2个nsSNPs位点,其中V103I突变对蛋白的影响程度低,是非保守性的中性位点。H126P突变可能改变位点的氢键数目降低蛋白的分子间作用力,影响蛋白空间结构的稳定性。IFITM3编码区序列十分保守,在禽类的选择压力分析中,只检测到120V位点。综上所述,H126P位点可作为优良鸡种免疫分子选育的潜在功能性位点。

关 键 词：鸡 IFITM3 多态性分析 错义SNP分析 选择压力分析 

分 类 号：S831.2[农业科学—畜牧学]