计算机模拟法探讨没药治疗骨肉瘤的作用机制  

Study on Mechanism of Resina Commiphora in Treatment of Osteosarcoma Based on Computer Simulation

作　　者：杨燕妮 勾伟颖 段辛威 李西海 陈友琴[4] 马德尊 叶锦霞 付长龙 郑春松 YANG Yanni;GOU Weiying;DUAN Xinwei

机构地区：[1]福建中医药大学药学院,福建福州350122 [2]福建中医药大学中西医结合研究院,福建福州350122 [3]福建中医药大学中西医结合学院,福建福州350122 [4]美国凯斯西储大学医学院,美国俄亥俄州44106 [5]福建省中西医结合老年性疾病重点实验室,福建福州350122

出　　处：《福建中医药》2023年第1期48-56,共9页Fujian Journal of Traditional Chinese Medicine

基　　金：福建省自然科学基金项目(2022J01877);陈可冀中西医结合发展基金项目(CKJ2022009);福建中医药大学校管课题(X2021015-重点)。

摘　　要：目的探讨没药治疗骨肉瘤(OS)的作用及其机制。方法以口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18为阈值,从中药系统药理学数据库及分析平台,收集没药的潜在活性成分及其对应靶点,并通过中国知网数据库检索与骨肉瘤相关的已报道活性化合物,利用Discovery Studio(DS)模拟软件,分别构建没药潜在活性成分和已报道活性化合物的数据集,基于“Calculate Molecular Properties”模块,比较两数据集的化学空间;以已知活性化合物数据集为参照配体,基于“Find Similar Moleculars by Fingerprints”模块,从没药潜在活性成分数据集中找出相似的分子。在GEO、OMIM、PharmGkb、DrugBank与GeneCards数据库中收集OS疾病靶点,与没药成分对应靶点取交集,将交集靶点与活性成分导入Cytoscape 3.8.1软件中,构建没药活性成分-靶点网络;再将交集靶点导入STRING网站构建蛋白质-蛋白质作用网络(PPI网络),在Cytoscape 3.8.1软件中拓扑分析筛选出核心靶点;用DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后用分子对接验证没药活性成分与OS核心靶点的相互作用。结果从TCMSP中得到没药潜在的活性成分45个及其对应的靶点393个;没药潜在活性成分和含147个已报道活性化合物的数据集,具有相近的化学空间分布,从前者数据集中发现了与活性化合物结构指纹特征相似度高的化合物有5个,分别为槲皮素、槲皮素-3-O-葡萄糖醛酸苷、[(5aS,8aR,9R)-8-oxo-9-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-5,5a,6,9-tetrahydroisobenzofurano[6,5-f][1,3]benzodioxol-8a-yl]acetate、β-谷甾醇和豆甾醇。收集到OS相关靶点5114个,与没药成分对应的靶点取交集,得到共同靶点129个;没药活性成分-靶点作用网络显示32个活性成分能与129个靶点相互作用,其中,3个化合物能作用于1个靶点,8个化合物能作用于2个靶点,21个化合物能作用≥3个靶点;PPI�

关 键 词：没药 骨肉瘤 化学空间 网络药理学 分子对接 

分 类 号：TP391.9[自动化与计算机技术—计算机应用技术] R285[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]