南阳黑猪肌内脂质沉积相关lncRNA鉴定和功能预测  

Identification and functional prediction of lncRNAs related to intramuscular lipid deposition in Nanyang black pigs

作　　者：刘京鸽 吴结革[1] 徐世永[1] 陈清[1] 马凡华 张金璧 Liu Jingge

机构地区：[1]金陵科技学院动物科学与食品工程学院,江苏南京210038

出　　处：《江苏农业科学》2023年第12期149-157,共9页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：国家自然科学基金(编号:32002175);国家自然科学基金(编号:31902123);金陵科技学院2021年科教融合项目(2021KJRH32);金陵科技学院博士科研启动基金(编号:jit-b-202035)。

摘　　要：为了探讨长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在南阳黑猪肌内脂肪沉积中的重要作用,通过分析已发表的南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌转录组数据,通过编码潜能预测获得可能的lncRNA,结合DESeq2软件筛选出在南阳黑猪高脂组和低脂组背最长肌差异表达基因和lncRNA,并通过GO和KEGG通路富集分析,找出与南阳黑猪肌内脂肪沉积相关的差异表达lncRNA。结果表明,通过编码潜能预测获得61个新的lncRNAs,新鉴定lncRNAs和已知lncRNAs与编码基因相比较表现出一些典型特征,如转录本长度较短、外显子数较少。差异表达分析发现,814个编码基因和98个lncRNA在低脂和高脂组背最长肌间差异表达。差异表达的基因参与了多种与脂质代谢相关的信号通路,如甘油三脂代谢、PPAR信号通路、脂肪酸生物合成、脂肪酸降解等。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析表明,一些lncRNA可能作用于潜在的靶基因,参与脂质代谢过程,调控背最长肌脂质沉积。研究结果为进一步深入研究与猪脂质沉积相关的lncRNA生物学功能及调控机制奠定了基础,在未来育种中改善猪肉性状,促进猪的选择进程。

关 键 词：南阳黑猪 背最长肌 lncRNA 脂质代谢 

分 类 号：S828.2[农业科学—畜牧学]