一种基于相对熵的差异表达基因筛选方法  

作　　者：张恒益 王莹 郑惠玲[1] 

机构地区：[1]西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100 [2]中国农业科学院作物科学研究所,北京100081

出　　处：《中国畜牧杂志》2024年第7期119-125,共7页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：陕西省重点研发计划-重点产业创新链(群)-农业领域项目(2022ZDLNY01-02)。

摘　　要：试验旨在针对传统的差异表达基因筛选方法对噪音敏感这一问题提出了一种基于相对熵的差异表达基因筛选方法,通过降低数据噪音,更加快速有效地筛选出差异表达基因。下载GEO数据库微阵列数据集GSE114384,分别采用基于相对熵的方法及传统的方差分析法对数据集中绵羊感染副结核期间的差异表达基因进行了筛选并进行了抗噪性及运行速度试验。结果发现,基于相对熵的方法筛选出了大多数差异表达基因,且抗噪性是方差分析法的约6~22倍,运行速度是方差分析法的约0.25~0.5倍。该试验结果表明基于相对熵的方法抗噪性强、运算速度快,可以用于含有噪音的大规模基因表达数据的差异表达基因筛选,为通过转录组测序数据挖掘差异表达基因的方法提供参考。

关 键 词：相对熵 差异表达基因 手肘法 箱型图 抗噪性 

分 类 号：S8-1[农业科学—畜牧兽医] Q786[生物学—分子生物学]