Open ST:高分辨率3D空间转录组学  

出　　处：《中华神经外科疾病研究杂志》2024年第3期61-61,共1页Chinese Journal of Neurosurgical Disease Research

摘　　要：空间转录组学(ST)方法揭示了组织发育、稳态或疾病背后的分子机制。然而,目前尚需要一种易于使用、高分辨率、经济高效并可显示3D结果的方法。在一项研究中开发了Open ST技术,这是一种基于测序的开源实验和计算资源,用于解决这些难题,并可通过二维和三维的方法研究组织中的分子组织结构。在小鼠大脑中,Open ST在亚细胞分辨率的层次尚,捕获转录组学本并重建了细胞类型。在原发性头颈部肿瘤和患者匹配的正常/转移淋巴结中,Open ST捕获了空间中免疫、间质和肿瘤群体的细胞多样性,并通过基于成像的空间转录组学进行了验证。不同的细胞状态围绕在肿瘤的细胞通信热点区域,而在转移瘤中并没有这个现象。引人注目的是,转移淋巴结的3D重建和多模态分析揭示了2D数据中没有发现的空间连续结构,并且在肿瘤/淋巴结的3D结构中,发现了精准位于二者边界的潜在生物标志物。所有使用方法和软件均在以下网址:https://rajewsky-lab.github.io/openst。

关 键 词：转移淋巴结 头颈部肿瘤 转录组学 3D结构 3D重建 OPEN 细胞类型 细胞状态 

分 类 号：R73[医药卫生—肿瘤]