基于布莱凯特黑牛胎盘转录组数据筛选胎盘发育候选基因  

作　　者：苗秀萍 刘瑞莉 张文琦 陈振鹏 王秀源 梅艳芳 肖超柱 张任政 柏学进 董雅娟 

机构地区：[1]青岛农业大学动物科技学院,山东青岛266109 [2]黑牛种业技术创新中心,山东青岛266109 [3]山东兆福牧业科技股份有限公司,山东淄博256306

出　　处：《中国畜牧杂志》2025年第1期203-211,共9页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：山东省现代化农业产业技术体系牛产业创新团队(6682216030);黑牛种业基金(6602422011)。

摘　　要：本研究以布莱凯特黑牛胎盘组织为试验材料,通过转录组测序和生物信息学分析筛选胎盘发育的候选基因,为胎盘发育提供一定的理论基础。根据胎盘的长度、宽度、厚度和重量,将布莱凯特黑牛分为大胎盘组(Big Placenta,BP)和小胎盘组(Small Placenta,SP),每组各4头,转录组测序构建胎盘文库,根据P-value≤0.05且|Fold Change|≥1.5为标准筛选差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),对DEGs进行GO、KEGG和构建蛋白互作网络(Protein-ProteinInteraction,PPI)分析,结合胎盘表型及与DEGs的表达筛选候选基因;通过qRT-PCR和Western Blot对候选基因进行表达鉴定。结果表明:BP和SP组共有580个DEGs,其中238个DEGs在大胎盘中上调,342个下调,GO和KEGG富集分析显示DEGs显著富集在与胎盘发育相关的生物过程(胚胎胎盘发育、胚胎造血等)和通路(氧化磷酸化、NF-κB等)中。结合PPI筛选出与细胞增殖相关的10个基因(IL6、TNF、TFRC、ADGRL3、ACTA1、CD24、GNG11、COX2、COX1、COX3);相关分析表明:COX1、COX2、COX3与胎盘重呈极显著负相关,且拟合程度高,筛选为候选基因。转录和蛋白表达鉴定显示:COX1、COX2和COX3在胎盘中的表达水平显著高于其他组织。综上,COX1、COX2、COX3可作为胎盘发育的候选基因,通过氧化磷酸化通路抑制胎盘生长发育。本研究为深入探究胎盘发育过程中的分子机制提供了理论支持。

关 键 词：布莱凯特黑牛 生物信息学 RNA-SEQ 胎盘发育 

分 类 号：S823.2[农业科学—畜牧学]