预测转录单位基础上的原核生物启动子预测(英文)  

Prediction of Prokaryotic Promoters Based on Prediction of Transcriptional Units

作　　者：林建成[1] 徐晋麟[1] 骆建华[1] 李亦学[2] 

机构地区：[1]上海交通大学生物技术系,上海200240 [2]中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心,上海200031

出　　处：《生物化学与生物物理学报》2003年第4期317-324,共8页

基　　金：国家高技术研究发展计划 (863计划 )资助项目 (No .2 0 0 1AA2 3 10 1)~~

摘　　要：启动子及转录单位预测对于了解基因间的功能及相互间的调节关系具有重要的作用 ,这方面的研究一直是生物信息学的一个重要方向 ,但预测的准确率一直都很有限。本文建立了在转录单位预测基础上进行原核生物启动子预测的新方法 ,首先根据基因间距离、功能关系及多基因比对结果来进行转录单位预测 ,得到了比较理想的结果 ,而且对于研究得比较透和研究得较少的基因组都适用。其后在转录单位预测结果基础上进行启动子预测则采用了隐Markov链模型 ,并在Markov链中考虑状态驻留时间。结果显示 ,该方法能有效地预测出启动子序列及其位置 ,准确率达到 70 %以上。Identification of promoters is very important in understanding gene regulating relationships in an organism, and computational identification of promoters has been a long standing problem in computational biology. A new method was presented to predict promoter regions in prokaryotic organism. The method predicted transcription unit (TU) first and the TU was divided into singlet that contains only one single gene in a TU, and operon that contains more than one gene. Based on these predicted TUs, promoter was predicted for each TU using hidden Markov model including explicit state duration density. Both predicted TUs and promoters were satisfying.

关 键 词：生物信息学 转录单位 预测 原核生物 启动子 基因 操纵子 隐马尔可夫链模型 

分 类 号：Q753[生物学—分子生物学]