前列腺特异膜抗原的结构模型研究  

Modeling Study of the Prostate Specific Membrane Antigen

作　　者：叶传忠[1] 林传捷[2] 张芳林[3] 张磬[4] 叶敏[1] 陈建华[1] 黄云腾[1] 

机构地区：[1]上海第二医科大学新华医院泌尿外科,上海200092 [2]福建医科大学第一医院信息科 [3]瑞金医院 [4]中国科学院上海生物化学研究所

出　　处：《上海第二医科大学学报》2003年第6期481-484,共4页Acta Universitatis Medicinalis Secondae Shanghai

基　　金：国家自然科学基金资助项目(30300347)

摘　　要：目的对前列腺特异膜抗原(PSMA)进行结构模建并尝试其小分子抑制物的设计。 方法通过网络资源和分子设计软件SYBYL进行PSMA的三维模建和小分子抑制物的设计。 结果以气单胞菌氨肽酶(AMP)的晶体结构为模板使用Composer模块,获得PSMA胞外区三维结构模型。采用分子对接方法,以AMP和p-碘基-D-苯丙酸-氧肟酸(AIDPH)的复合物晶体结构IIGB为参照,将AIDPH对接到PSMA的结构上,相对应形成疏水作用一端的残基为Y279、Y294、Y298及Y301,与IIGB的晶体结构中的蛋白-抑制剂间的疏水作用非常相似,相对应于另一端形成氢键的4个残基中有3个相同,说明两个复合物氢键形成的方式大体一致。 结论成功获得PSMA三维结构的理论模型。AIDPH有望作为设计PSMA靶向性药物的前导基团。Objective To predict the 3 -dimensional (3D) structure of prostate specific membrane antigen ( PSMA) and develope its inhibitor through computer-aided drug design approach. Methods The 3D structure of PSMA was constructed using SYBYL molecular modeling software, and the computer - aided molecular design of PSMA inhibitor was made. Results 3D modelling of partial extracellular domain of PSMA was achieved by Threading ( Genefold program) a hydroxamate inhibitor, ara - Io-do - D - Phenylalanine Hydroxamate (AIDPH) docked into PSMA using the Autodock program. The ligand was binded mainly to a hydrophobic site, consisting of residues Y255,F244,F248 and Y251 and a hydrogen bond consisting of Y279 , Y294 , Y298 and Y301. Conclusion Design of PSMA inhibitor based on its aminopeptidase fold may be of therapeutic benefit to prostate cancer.

关 键 词：前列腺特异膜抗原 结构模型 串线法 药物设计 前列腺癌 

分 类 号：R392[医药卫生—免疫学]