国家自然科学基金(31070063)

作品数:3被引量:2H指数:1
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Gromacs在神威蓝光超级计算机上的部署及应用
《科研信息化技术与应用》2013年第1期74-80,共7页朱效民 尚远 王利 
国家自然科学基金(31070063)资助
Gromacs是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统,分别为基于Intel CPU构建的高性能计算集群(理论峰值超过100T),以及基于国产SW1600 CPU构建的MPP超级计算系统(理论峰值超过1P)。本文介绍了Gromacs软...
关键词:神威蓝光 分子动力学模拟 副本交换 Gromacs软件包 
持续性催化酶类机理研究及其分子动力学模拟被引量:1
《中国科学:生命科学》2012年第8期603-612,共10页黄彬 耿存亮 潘龙强 王禄山 张冬菊 高培基 
国家重点基础研究发展规划(批准号:2011CB707401);国家自然科学基金(批准号:31070063);山东省中青年科学家科研奖励基金(批准号:BS2009SW021)资助项目
酶分子催化机理研究是生命科学研究领域一个重要的问题.近80年来,过渡态理论在解释酶催化机理问题上占据了主导地位,结合热力学循环、锁钥学说、诱导契合学说以及酶活性中心柔性学说等理论,可以很好地解释多种酶分子的催化过程.近年来,...
关键词:持续催化酶类 酶催化机理 过渡态理论 外切纤维素酶 分子动力学模拟 
生物大分子的分子动力学模拟过程在百万亿次集群上的部署优化被引量:1
《山东大学学报(理学版)》2012年第7期14-19,49,共7页潘龙强 耿存亮 慕宇光 刘鑫 胡毅 潘景山 周亚滨 龚斌 王禄山 
973计划资助项目(2011CB707401);国家自然科学基金资助项目(31070063);山东省优秀中青年奖励基金项目(20090451326)
分子动力学模拟作为研究生物大分子功能和性质的新工具,已广泛应用于蛋白质和核酸等物质的分子动态学行为研究,但目前常规分子动力学模拟时间尺度较小,不能达到生物大分子分子动态行为的有效取样范围。温度副本交换分子动力学可同时运...
关键词:分子动力学模拟 副本交换 百万亿次 神威4000A 部署优化 
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