国家自然科学基金(60970085)

作品数：4被引量：2H指数：1
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相关作者：徐云潘玮华聂鹏宇陈波李婷更多>>
相关机构：中国科学技术大学安徽省高性能计算重点实验室国家高性能计算机工程技术研究中心更多>>
相关期刊：《计算机系统应用》《计算机工程》《计算机工程与科学》更多>>
相关主题：并行计算聚类MPI编程DNA序列编程框架更多>>
相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
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一种跨平台的并行编程框架设计与实现被引量：1
《计算机工程》2014年第8期43-47,共5页李婷 徐云 聂鹏宇 潘玮华 
国家自然科学基金资助重点项目(61033009);国家自然科学基金资助面上项目(60970085)
并行程序设计的复杂性及并行计算平台的多样性导致程序可移植性较差。为此,设计并实现一种跨平台、分层次的并行编程框架OpenCH。该框架通过两层并行函数库和层次化的API设计,对上层应用程序隐藏并行化细节,为基于不同计算平台的库函数...
关键词：并行计算 并行编程框架 跨平台 OpenMP编程 MPI编程 CUDA编程 
生物序列数据K-mer频次统计问题的算法
《计算机系统应用》2014年第4期121-124,158,共5页张鑫鑫 陈波 何继凌 徐云 
国家自然科学基金(60970085)
生物序列的k-mer频次统计是生物信息处理中一个非常基础且重要的问题.本文针对多序列在对齐模式下,不同偏移处一段长度范围内的k-mer频次统计问题进行了研究.提出了一种逆向遍历k-mer计数算法BTKC.该算法能够充分利用长度的k-mer统计信...
关键词：k-mer计数 频次统计 逆向遍历 生物信息处理 
一种基于聚类的大规模单体分型算法
《计算机工程与科学》2013年第11期27-33,共7页潘玮华 陈波 徐云 
国家自然科学基金面上项目(60970085);国家自然科学基金资助项目(61033009)
大规模单体分型问题是生物遗传分析领域一个重要的基础性问题。针对现有算法求解大规模单体分型问题时存在的缺陷,在原有WinHAP算法的基础上引入聚类思想,提出一种基于聚类的WinHAP算法。该算法在保证原算法精度不下降的前提下,大大提...
关键词：单体分型 聚类 大规模计算 并行计算 生物信息学 
基于仿射聚类的宏基因组序列物种聚类被引量：1
《计算机系统应用》2013年第11期165-170,142,共7页聂鹏宇 潘玮华 徐云 
国家自然科学基金面上项目(60970085)
随着下一代测序技术的迅猛发展,宏基因组学已经成为新的研究热点,宏基因组学序列聚类问题使用无参考的方法,对包含多个物种的宏基因组序列进行有效分离.为此,提出一种结合相似度信息和结构信息的宏基因组物种聚类算法,并引入仿射聚类来...
关键词：宏基因组学 DNA序列 物种聚类 仿射聚类 倒排索引 
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