CHARMM

作品数：3被引量：4H指数：1
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含有L-对硝基苯丙氨酸的BAFF改构体的分子动力学模拟与分析被引量：3
《中国药科大学学报》2017年第2期227-232,共6页蔡棣 田浤 姚文兵 
国家教育部博士点基金资助项目(No.20120096110007);国家自然科学基金资助项目(No.81273426)~~
建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO_2Phe)蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO_2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考。使用CGenFF-paramchem计算天然氨基酸...
关键词：纳米分子动力学(NAMD) 可视化分子动力学(VMD) 分子动力学模似 CHARMM L-对硝基苯丙氨酸 B淋巴细胞刺激因子 
Optimization of CHARMM force field parameters for the chalcone fragment
《Science China Chemistry》2012年第12期2580-2586,共7页ZHANG Hui YAO Yuan QI XiaoLi LI ZeSheng 
National Institute of Biological Science, Beijing 102206,China;supported by the Major State Basic Research Development Programs of China(2011CBA00701);the National Natural Science Foundation of China(20973077,20973049);the Doctoral Fund of Ministry of Education of China(20112303110005);the Foundation for the Department of Education of Heilongjiang Province (1152G010,11551077);the Science Foundation for Leading Experts in Academe of Harbin of China(2011RFJGS026)
In this work,we developed the CHARMM all-atom force field parameters for the nonstandard biological residue chalcone,followed by the standard protocol for the CHARMM27 force field development.Target data were generate...
关键词：CHARMM force field parameters CHALCONE 
分子动力学模拟计算在通用图形处理芯片上的实现被引量：1
《高等学校化学学报》2008年第12期2425-2429,共5页宋国梁 翁经纬 李振华 王文宁 范康年 
国家自然科学基金(批准号:20433020;20673024;20828003)资助
将在计算生物分子中广泛应用的CHARMM力场应用于Windows computer cluster server(WCCS)环境下,并实现了该力场及分子动力学模拟程序的通用显卡(GPU)并行计算.对一些多肽链的动力学模拟结果显示,与CPU计算相比,GPU计算在计算速度上有巨...
关键词：分子动力学 图形处理芯片 CHARMM Windows COMPUTER CLUSTER server 
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