蛋白质折叠

作品数：338被引量：671H指数：10
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基于Toy模型蛋白质折叠预测的多种群微粒群优化算法研究被引量：5
《计算机科学》2008年第10期230-235,共6页张晓龙 李婷婷 芦进 
国家自然科学基金(No.60674115);教育部回国人员科研启动基金(2005-2007)
基于Toy模型的蛋白质折叠结构预测问题是一个典型的NP问题。提出了多种群微粒群优化算法用于计算蛋白质能量最小值。该算法采用了一种新的算法结构,在该结构中,每一代的种群被分为精英子种群、开采子种群和勘探子种群三部分,通过改善种...
关键词：蛋白质折叠 Toy模型 多种群微粒群优化算法(MPSO) 
蛋白质在格子模型中改进的PERM算法
《计算机科学》2007年第7期197-199,共3页李小妹 
校博士基金(编号:063011)
PERM算法是当前蛋白质结构预测的格子模型优化算法中最为有效的一种算法,在该算法的基础上,我们提出了一种改进的增长算法IPERM。该方法简化了PERM算法中的权重计算公式,在遇到不同类型的残基时选用不同的上下限阈值以提高算法的有效性...
关键词：蛋白质折叠 格子模型 PERM 
求解HP模型蛋白质折叠问题的启发式算法被引量：3
《计算机科学》2006年第11期174-176,共3页陈矛 黄文奇 
国家自然科学基金资助项目(10471051);国家973计划资助项目(2004CB318000)
构造了一个新的数学模型,把三维HP模型的蛋白质折叠问题由一个有约束的优化问题转化为无约束的优化问题,通过建立相对坐标和邻域结构,提出了一个局部搜索算法,并对文献中的链长不同的7个算例进行了测试。结果表明,该算法能在较短时间内...
关键词：蛋白质折叠 HP模型 启发式算法 
三角网格模型的快速树搜索算法及可设计性分析
《计算机科学》2005年第12期164-167,共4页李小妹 王能超 
国家自然科学基金;编号70271069
在蛋白质折叠格子模型的可设计性特征研究中,为了克服以往方格模型具有奇偶问题这一缺点,本文利用三角网格模型来进行穷举搜索。在简化的网格模型中,序列折叠为某一结构的能量值为在结构心部疏水氨基酸的个数取负值。在蛋白质折叠模型...
关键词：三角网格模型 蛋白质折叠 聚类树 可设计性 
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