汤文

作品数：2被引量：4H指数：1
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供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
发文主题：FPGA高通量测序高通量生物信息学测序更多>>
发文领域：自动化与计算机技术更多>>
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基于定制协处理器的基因重测序加速技术研究
《计算机研究与发展》2014年第9期1980-1992,共13页汤文 张春明 谭光明 张佩珩 孙凝晖 
国家"九七三"重点基础研究发展计划基金项目(2012CB316502)
自2008年1月高通量测序技术应用以来,测序的通量和成本都在不断下降.然而基因数据的爆发式增长速度已经超过了摩尔定律,对海量数据的计算处理能力成为制约基因测序应用推广的瓶颈.以基于Hash索引的重测序算法为目标,对计算和访存行为进...
关键词：高通量测序技术 短序列比对 Hash索引 现场可编程门阵列 异构体系结构 
基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究被引量：4
《计算机研究与发展》2013年第11期2463-2471,共9页王文迪 汤文 段勃 张春明 张佩珩 孙凝晖 
国家"九七三"重点基础研究发展计划基金项目(2012CB316502);国家"八六三"高技术研究发展计划基金项目(2009AA01A129);中国科学院知识创新工程重大项目(KGCX1-YW-13);国家自然科学基金项目(60803030;60633040;60925009;60921002)
近年来随着高通量基因测序技术的迅速发展，测序成本和周期都得到了大幅降低．然而，新一代测序技术海量数据生成能力以及各类测序算法蕴含的高并发性却对现有计算机的运算能力提出了新挑战．以一个基于Hash索引算法实现的开源重测序程...
关键词：Hash索引 生物信息学 高通量测序 FPGA 并行加速器 
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