王文杰

作品数:6被引量:4H指数:1
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发文主题:网络网络分析方法单细胞聚类沉默更多>>
发文领域:医药卫生生物学理学更多>>
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SDAEC算法在单细胞测序数据批次校正中的应用
《中国卫生统计》2024年第4期501-506,共6页王文杰 李康 谢宏宇 
国家自然科学基金(82003551);浙江省自然科学基金(LTGY24H160008)。
目的 提出深度堆叠降噪自编码嵌套聚类(stacked denoising auto encoder embedded cluster, SDAEC)算法并用于单细胞mRNA测序(single cell mRNA sequence, scRNA-seq)数据的批次效应移除,对其移除批次效应性能进行评估。方法 基于单细...
关键词:深度堆叠降噪自编码嵌套聚类 单细胞测序 批次效应 卵巢癌 
Specter聚类方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用
《中国卫生统计》2023年第3期354-357,362,共5页何佳 王文杰 张刘超 李康 
国家自然科学基金(81973149)。
目的研究Specter聚类的原理和方法,探讨其适用条件,并将其应用于卵巢癌单细胞测序(scRNA-seq)数据的聚类分析,标记得到的细胞亚群。方法通过模拟试验和实际单细胞RNA数据分析,对Specter聚类和较常用的其他三种方法进行比较,并用ARI和NM...
关键词:Specter scRNA-seq 聚类 细胞亚群 
单细胞RNA测序数据批次效应校正方法
《中国卫生统计》2023年第1期153-156,共4页王文杰 李康 谢宏宇 
国家自然科学基金资助(82003551,81973149);中国博士后科学基金资助(2019M661309);黑龙江省博士后基金资助(LBH-Z19081)。
传统的“bulk”RNA测序通过测量一个细胞群中基因的平均表达水平来描述一个组织的整体状态,掩盖了单个细胞的信号及组织内细胞异质性。单细胞RNA测序(single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)是近年来新兴的检测技术,通过单个细胞的转录...
关键词:批次效应 分子状态 生物学机制 细胞微环境 数据整合 细胞群 校正方法 整体状态 
DiffRank-RF差异网络分析方法的研究与应用
《中国卫生统计》2019年第5期784-786,共3页蔡雨晴 李轶群 徐欢 宋微 杨凯 王文杰 李康 
国家自然科学基金(81773551,81573256)
差异表达分析常被用于各种疾病标志物的筛选研究中,如传统的t检验、显著性分析(significance of microarrays,SAM)检验、偏最小二乘(pa least square,PLS)等方法。然而,这些方法主要是通过比较不同分组之间基因表达均值的差异筛选标记物...
关键词:偏最小二乘 疾病标志物 显著性分析 网络分析方法 检验效率 差异表达分析 T检验 MICROARRAY 
基于贝叶斯准则的差异网络分析方法研究与应用被引量:1
《中国卫生统计》2019年第4期484-488,共5页宋微 王文杰 徐欢 蔡雨晴 李康 
国家自然科学基金(81773551)
目的探讨基于贝叶斯准则的差异网络分析方法的性能,并将其应用于卵巢癌基因表达谱数据分析。方法通过模拟实验评价其识别差异边及差异节点的准确性,并与传统方法做对比。同时应用上皮性卵巢癌基因组学数据,构建差异网络模型。结果模拟...
关键词:贝叶斯模型选择 高斯图模型 差异网络 
基于网络解卷积和网络沉默算法的高维数据网络优化策略与比较被引量:3
《中国卫生统计》2019年第1期68-70,74,共4页荣志炜 王文杰 李康 
国家自然科学基金(81302511;81473072);哈尔滨医科大学创新科学研究基金(2016JCZX13)
目的根据组学数据构建网络存在间接边的问题,对此可通过适当的算法进行优化。本文使用DREAM5平台的网络数据,对网络解卷积方法(ND)和网络沉默(Silencing)两种网络优化算法的效果进行比较,提供合适的网络构建策略。方法分别使用7种方法...
关键词:基因调控网络 网络优化 网络解卷积 网络沉默 
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