基于比对相似度动态矩阵聚类算法在基因序列中的应用  

Applications of SZDM-based clustering algorithm in gene sequences

作　　者：张白妮[1] 骆嘉伟[1] 汤德佑[1] 

机构地区：[1]湖南大学计算机与通信学院,湖南长沙410082

出　　处：《计算机应用》2004年第8期35-37,共3页journal of Computer Applications

基　　金：湖南省自然科学基金项目 (0 3JJY30 95)

摘　　要：基于BAG图的聚类算法 ,利用聚类单元引导类的分割 ,保证聚类结果不会产生过多的类碎片 ,但其相似分数阈值Cutoff初始值和最长公共子串最小长度阈值Threshold如何确定并没有明确给出。提出基于比对相似度动态矩阵的聚类算法 ,并在此基础上明确给出了确定cutoff初始值和Threshold阈值的方法。实验结果表明该算法可以获得较好的聚类正确率。Sun Kim, etc, presented the BAG clustering algorithm, but didh't explain how to get the initial value of cutoff and Threshold(the threshold value of longest common substring). We introduced a clustring algorithm based on the similar zscores between sequences, and the method for determining the initial value of cutoff and the value of Threshold definitely. Experiments on gene sequences show that this algorithm has higher rate of correctness clustering.

关 键 词：生物序列 聚类 最长公共子串 比对相似度动态矩阵 

分 类 号：TP391.4[自动化与计算机技术—计算机应用技术]