生物序列

作品数:109被引量:133H指数:6
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生物序列比对动态规划算法的统一形式化构造与Isabelle验证
《计算机研究与发展》2025年第1期119-131,共13页石海鹤 蓝孙文 刘日明 石海鹏 王岚 钟林辉 
国家自然科学基金项目(62062039)。
序列比对是生物序列分析中的一个经典问题,旨在找出序列之间的相似性,它对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息都具有重要的意义.该问题可分为双序列比对和多序列比对2类,现有工作多针对特定算法展开,没有设计通用的求解方法;此外,...
关键词:序列比对 PAR方法 形式构造 Isabelle定理证明器 
基于KMP算法的生物序列模式自动识别应用研究
《电脑知识与技术》2024年第36期42-44,共3页王艳 冀松 刘静 
河北省教育厅科学技术研究青年基金项目:基于KMP算法的生物序列模式自动识别应用研究(QN2023096)。
KMP算法是较为高效的模式匹配算法。相比传统BF算法,其无回溯的特点在生物序列比对过程中效率更高。文章介绍了生物序列模式和模式匹配算法,阐述了KMP算法的设计与实现。通过将生物序列转化为字符序列,实现了KMP算法在生物序列自动识别...
关键词:KMP算法 生物序列比对 自动识别 
基于神经网络的生物序列分类探析
《数字技术与应用》2024年第11期152-156,共5页郭育洲 周小安 林洋 
生物序列分类是生物信息学研究中的一个重要领域,生物序列数据的快速增长增加了生物序列分类的难度,而深度学习的发展则有助于生物序列的分类。广泛使用的监督BP神经网络需要标记大量的样本,而现实中得到的往往是没有标记的数据集,且标...
关键词:BP神经网络 生物序列 滑动窗口法 ROC曲线 序列分类 深度学习 DOCUMENT 训练环节 
基于Edlib的启发式生物序列聚类算法
《宝鸡文理学院学报(自然科学版)》2024年第3期50-55,共6页卫泽刚 陈旭 张小丹 胡婉靖 刘飞 
国家自然科学基金青年项目(62402010);宝鸡文理学院校级研究生创新科研项目(YJSCX23YB37);陕西省科技厅项目(2024SF-YBXM-134);陕西省教育厅项目(23JK0287);陕西基础科学(数学、物理学)研究院科研计划项目(23JSQ051);2023年教育部产学合作协同育人项目(230705211175618);宝鸡文理学院第十七批校级本科教学改革研究项目(22JGYB37);宝鸡文理学院2023年大学生创新创业训练计划项目(S202310721033)。
目的提出一种基于Edlib的启发式序列聚类算法:EdClust,以降低目前启发式序列聚类算法普遍存在的聚类数量过估计和聚类种子序列质量低的问题。方法EdClust首先读取第一条序列并作为第一个聚类单元的种子;然后读取下一条序列,通过Edlib计...
关键词:序列聚类 启发式聚类 聚类质量 高通量测序 
优化K-MER模型对生物序列进行聚类
《福建电脑》2024年第7期58-62,共5页李莉 黄伟 赵佳旭 
福州职业技术学院校级科研项目(No.FZYKJJJYB202304)资助。
基于K-mer的生物序列聚类算法是一种基于序列特征的聚类方法。纯粹的K-mer聚类算法运行速度较慢。为解决这个问题,本文提出了对生物序列聚类的优化KMER模型。首先以生物序列的K-mer频率为基础,将每个字符(A、C、G、T)分配一个两位的二...
关键词:生物序列 聚类算法 位操作 并行化 
基于集成深度学习框架的新型冠状病毒感染治疗药物活性预测
《中国药业》2024年第14期47-53,共7页许强 罗杰斯 杨明 张永林 
西南特色中药资源国家重点实验室开放基金[SKLTCM2022028];川北医学院校级科研发展计划项目[CBY22-QNA38]。
目的 建立预测新型冠状病毒感染治疗药物活性的集成深度学习框架。方法 采用卷积神经网络(CNN)和递归神经网络(RNN)从简化分子线性输入规范(SMILES)字符串序列信息中筛选出代表性的特征标识,以深度神经网络(DNN)从离散特征信息中提取更...
关键词:集成深度学习框架 新型冠状病毒感染 药物活性 神经网络 自动生物序列 
生物序列类专利侵权诉讼问题探讨
《专利代理》2024年第2期42-49,共8页胡辉 
通过分析涉及生物序列类的判决案例,探讨了生物序列类专利侵权诉讼中的等同侵权判定、生物序列同源性限定时的侵权分析和生物序列作为分子标记在鉴定微生物时的相关问题。生物序列类专利侵权诉讼中,关于等同特征,需立足于被诉侵权行为...
关键词:生物序列 等同原则 同源性 
基于人工智能和计算生物学的合成生物学元件设计被引量:6
《合成生物学》2023年第3期422-443,共22页王晟 王泽琛 陈威华 陈珂 彭向达 欧发芬 郑良振 孙瑨原 沈涛 赵国屏 
中国科学院国际大科学计划培育专项(153D31KYSB20170121)。
合成生物学是按照一定的规律综合已有的信息设计和构建全新的生物元件、装置和系统,或者重新设计已有的天然生物系统。合成生物学的核心在于设计、改造、重建或制造生物元件、生物反应系统、代谢途径与过程,乃至创造具有生命活动能力的...
关键词:人工智能 合成生物学 计算生物学 蛋白质设计 生物序列 
基于多重解码器的自编码器模型的生物序列聚类方法被引量:2
《福建师范大学学报(自然科学版)》2022年第6期1-9,共9页陈城 林劼 
国家自然科学基金资助项目(61472082)。
提出一种基于多重解码器的自编码器模型,用于学习生物序列数据的表示,并使用k-means算法对序列的表示进行聚类.试验结果验证了提出的方法在DNA序列数据集上具有良好的性能.
关键词:生物序列聚类 自编码器 表示学习 
美國專利商標局發怖修訂生物序列表的最終實施規則
《中国专利与商标》2022年第3期86-86,共1页
2022年5月20日,美國專利商標局(USPTO)發怖了一項最終規則,該規則對專利申請中與核苷酸和氨基酸序列披露相關的實踐規則進行了修訂。新的檦準將適用於2022年7月1日當日或之後提交的所有專利申請,並將使USPTO的實踐規則與世界知識產權組...
关键词:WIPO 序列表 利商 USPTO 氨基酸序列 
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