生物序列比对

作品数：17被引量：37H指数：4
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相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
相关作者：朱香元李仁发张树波童若锋林江更多>>
相关机构：天津大学湖南大学肇庆学院中山大学更多>>
相关期刊：《计算机研究与发展》《中国科技纵横》《计算机工程与设计》《数学的实践与认识》更多>>
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生物序列比对动态规划算法的统一形式化构造与Isabelle验证
《计算机研究与发展》2025年第1期119-131,共13页石海鹤 蓝孙文 刘日明 石海鹏 王岚 钟林辉 
国家自然科学基金项目(62062039)。
序列比对是生物序列分析中的一个经典问题,旨在找出序列之间的相似性,它对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息都具有重要的意义.该问题可分为双序列比对和多序列比对2类,现有工作多针对特定算法展开,没有设计通用的求解方法;此外,...
关键词：序列比对 PAR方法 形式构造 Isabelle定理证明器 
基于KMP算法的生物序列模式自动识别应用研究
《电脑知识与技术》2024年第36期42-44,共3页王艳 冀松 刘静 
河北省教育厅科学技术研究青年基金项目:基于KMP算法的生物序列模式自动识别应用研究(QN2023096)。
KMP算法是较为高效的模式匹配算法。相比传统BF算法,其无回溯的特点在生物序列比对过程中效率更高。文章介绍了生物序列模式和模式匹配算法,阐述了KMP算法的设计与实现。通过将生物序列转化为字符序列,实现了KMP算法在生物序列自动识别...
关键词：KMP算法 生物序列比对 自动识别 
异构机群系统中序列比对并行算法进展
《福建电脑》2019年第4期67-69,共3页李显宁 
广西机电职业技术学院异构机群系统上序列比对并行处理研究项目(No.[2008]KY014)资助
简要介绍生物序列比对问题,生物序列比对分为双序列比对和多序列比对两大类,介绍了双序列比对并行算法和多序列比对并行算法的研究现状,并分析它们的主要设计思想及其性能。最后,对异构机群计算环境下序列比对近似并行算法的研究进行简...
关键词：生物序列比对 序列比对 双序列比对 多序列比对 并行 
一种基于蚁群算法的生物序列并行比对方法
《计算机工程与科学》2017年第9期1610-1616,共7页李娟 汤德佑 傅娟 
国家自然科学基金(61201100);广州市科技计划(201508010029)
生物序列比对是生物信息领域的重要课题,比对结果的合理性和正确性关系到基于比对结果研究的正确性。在保证正确性的前提下利用并行计算充分挖掘计算潜力对提高比对效率有重要意义。针对双序列的全局比对问题,提出了基于蚁群算法的双序...
关键词：生物序列比对 并行算法 蚁群算法 OPENMP 
四种常用的生物序列比对软件比较被引量：4
《生物信息学》2016年第1期56-60,共5页陈凤珍 李玲 操利超 严志祥 
国家自然科学基金资助项目(U1301252)
随着高通量测序技术的快速发展,下一代测序技术也迅速发展为生物领域中的主流技术,而理解下一代测序数据最重要的一步是比对。比对是进行后续生物信息分析的基石,也因此催生了很多比对软件。本文主要选取了四种常用的比对软件Bowtie2、...
关键词：下一代高通量测序 比对软件 生物信息 
基于异构系统的生物序列比对并行处理研究进展被引量：1
《计算机科学》2015年第B11期390-395,399,共7页朱香元 李仁发 李肯立 胡忠望 
国家自然科学基金重点项目(61133005;61432005);国家自然科学基金青年基金(61402400);广东省自然科学基金(2014A030310288)资助
序列比对工作属于生物信息学的基础性研究领域。由于它具有应用广泛、计算复杂以及海量数据等特点,加之现在高性能计算的兴起,使得近年来序列比对并行处理技术快速发展。首先介绍了序列比对领域高性能计算的新进展,接着从体系结构特征...
关键词：序列比对 并行处理 异构 GPU FPGA Cell BE MIC 
生物序列比对算法综述
《中国科技纵横》2013年第18期78-78,共1页艾冬梅 赵清玉 张德坤 
国家自然科学基金资助项目（61370131）;名称：新一代测序技术宏基因组数据分析的统计算法研究与应用.
随着生物信息学的快速发展，序列比对算法成为研究的热点问题。本文介绍序列比对算法的概念及研究，并针对几种常用的序列比对算法进行比较。同时也简单说明序列比对算法的改进方向。
关键词：生物信息学 序列比对 准确率 时空效率 
GPGPU加速生物序列比对研究进展
《生物信息学》2013年第2期115-119,共5页沈玉琳 金能智 孙一桐 者建武 马尧 
甘肃省重点实验室建设计划(NO.1106RTSA021);甘肃省2012年陇原青年创新人才扶持计划
序列比对是生物信息学中最常用和最经典的研究手段。生物序列比对需要有强大计算能力的硬件支撑,而近年快速发展起来的GPGPU正好可堪此任。本文首先介绍GPGPU的发展过程,进而讲述GPGPU硬件设备与其编程环境,然后对GPGPU做科学计算时需...
关键词：GPGPU 序列比对 数学库函数 
面向OpenCL架构的大规模生物序列比对被引量：2
《小型微型计算机系统》2012年第2期392-398,共7页陈钢 韦刚 李国波 裴颂文 吴百锋 
上海市重点学科建设基金项目(B114)资助;AMD大学合作计划基金项目资助
为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性;通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提...
关键词：OPENCL GPU 生物序列比对 SMITH-WATERMAN算法 
基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究被引量：1
《生物信息学》2011年第2期146-150,154,共6页张林 柴惠 沃立科 袁小凤 黄燕芬 
浙江省自然科学基金(Y2080844);浙江省医药卫生科学研究基金(2009B112);浙江省教育厅资助项目(Y200906336)
生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一。本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘。在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将...
关键词：序列比对 动态规划算法 图形硬件 
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