韦刚

作品数：4被引量：12H指数：2
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供职机构：复旦大学计算机科学技术学院更多>>
发文主题：生物信息学SMITH-WATERMAN算法GPUGPGPU通用图形处理器更多>>
发文领域：自动化与计算机技术更多>>
发文期刊：《系统仿真学报》《计算机系统应用》《小型微型计算机系统》《计算机工程》更多>>
所获基金：上海市高校选拔培养优秀青年教师科研专项基金上海市教育委员会重点学科基金更多>>
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基于GPGPU的生物序列快速比对被引量：5
《计算机工程》2012年第4期241-244,共4页马海晨 韦刚 吴百峰 
在CPU-GPU异构平台下,提出一种高效的生物序列比对方案。该方案利用GPU的并行处理能力,通过对读延迟、写延迟、重组函数及数据传输进行优化,在OpenCL框架下重构Smith-Waterman算法,加快生物序列比对速度。实验结果证明,与CPU上传统的串...
关键词：生物信息学 序列比对 通用图形处理器 SMITH-WATERMAN算法 OpenCL框架 
面向OpenCL架构的大规模生物序列比对被引量：2
《小型微型计算机系统》2012年第2期392-398,共7页陈钢 韦刚 李国波 裴颂文 吴百锋 
上海市重点学科建设基金项目(B114)资助;AMD大学合作计划基金项目资助
为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性;通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提...
关键词：OPENCL GPU 生物序列比对 SMITH-WATERMAN算法 
基于多核流处理器的BLAST并行化算法研究被引量：4
《系统仿真学报》2011年第10期2065-2069,共5页裴颂文 王心怡 韦刚 吴百锋 
上海市教委优秀青年教师基金(SLG10005);上海理工大学教师创新基金(GDCX-Y-102)
序列比对是生物信息学中最基本、最重要的操作,通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。BLAST算法是序列比对中应用广泛的算法之一。基于多核流处理器GPU和CPU的异构平台,提出了BLAST算法构造单词表和单词匹配扩展的...
关键词：序列比对 BLAST算法 生物信息学 多核流处理器 
GPU上稀疏矩阵与矢量乘积运算的一种改进被引量：2
《计算机系统应用》2010年第5期116-120,共5页马超 韦刚 裴颂文 吴百锋 
稀疏矩阵和矢量的乘积运算在工程实践及科学计算中经常用到,随着矩阵规模的增长,大量的计算限制了整个系统的性能,因此可以利用GPU的高运算能力加速SpMV。分析了现有GPU上实现的SpMV存在的问题,并设计了行分割优化和float4数据类型优化...
关键词：GPU 稀疏矩阵 CSR CUDA 
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