SMITH-WATERMAN算法

作品数：23被引量：46H指数：4
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相关领域：自动化与计算机技术更多>>
相关作者：刘志勇韦刚王继东张瑜周智更多>>
相关机构：中国科学院国防科学技术大学电子科技大学国家自然科学基金委员会更多>>
相关期刊：《数字通信世界》《机电信息》《赤峰学院学报（科学教育版）》《计算机工程与设计》更多>>
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Access原发性肝癌数据库的建立及其应用价值分析
《数字通信世界》2024年第12期108-110,共3页王海永 孔春丽 周利芬 洪怀江 王祖飞 
浙江省卫生健康委科研项目(编号2022PY030)基于多源数据采集匹配技术的肝癌临床数据库管理系统的开发及其应用研究。
目的:探讨Access原发性肝癌数据库的建立方法及其应用价值。方法:选择本院2020年1月至2024年4月期间确诊的原发性肝癌患者,数据来源为医院内局域网系统中的患者信息数据,通过Access数据库保存和管理患者的临床资料,建立原发性肝癌患者...
关键词：原发性肝癌 ACCESS数据库 k均值聚类算法机器 SMITH-WATERMAN算法 应用价值 
Smith-Waterman算法优化改进与Spark并行化研究被引量：2
《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》2019年第5期76-85,共10页李雷孝 刘燕凤 高静 
国家自然科学基金项目(61462070);内蒙古农业大学博士研究基金项目(BJ09-44)
Smith-Waterman算法是1种精确度最高、广泛应用于文本搜索的生物学序列比对算法。在对Smith-Waterman算法深入研究的基础上,从减少计算任务量和降低计算复杂度两个方面对算法进行优化改进,将优化改进算法基于Spark平台进行算法并行化设...
关键词：基因序列比对 SMITH-WATERMAN算法 优化改进 Spark并行化 
基于FPGA的Smith-Waterman算法的加速与实现被引量：1
《电子元器件与信息技术》2019年第7期91-94,共4页周智 徐渊 邓建晖 唐桐升 吴琪 
深圳市科技研发资金(项目编号：JCYJ20160331114526190)
Smith-waterman算法广泛用于生物序列比对中,但是生物序列比对的数据量极大,为了缩短比对时间,减少成本,本文提出了一种高度并行化的smith-waterman算法。此方案不仅优化了序列比对模块,利用FPGA的高度并行运算能力,并且提高了算法总的...
关键词：FPGA SMITH-WATERMAN算法 OPENCL 序列比对 并行循环 
基于GPU并行的生物序列局部比对算法
《福建农林大学学报（自然科学版）》2015年第4期442-448,共7页林敏 钟一文 林娟 
福建省自然科学基金资助项目(2013J01216;2014J01219)
对Smith-Waterman算法的计算公式进行了改进以适应GPU并行的特点,并提出新的基于BLOCK分块的并行前缀扫描法;通过UP-DOWN步骤、BLOCK间调整、Eij微调等步骤在O(logn)时间内计算出行中每一个元素的前缀最大值;最后将回溯过程置于GPU端,...
关键词：SMITH-WATERMAN算法 并行前缀扫描 通用图形处理器 序列比对 
基于序列比对的变电站仿真操作评价模型研究
《机电信息》2014年第33期135-136,共2页刘义杰 
针对现有变电站仿真培训系统缺乏完整且客观的评价体系,提出一种基于序列比对的变电站仿真操作智能评价方法。该方法将变电站仿真操作标准化为一系列操作序列,采用Smith-Waterman序列比对算法,通过比对标准操作序列与实际操作序列,结合...
关键词：序列比对 SMITH-WATERMAN算法 加权评分 
Parallel Pipelines for DNA Sequence Alignment on a Cluster of Multicores： A Comparison of Communication Models
《通讯和计算机（中英文版）》2012年第12期1364-1371,共8页Enzo Rucci Franco Chichizola Marcelo Naiouf Laura De Giusti Armando De Giusti 
关键词：DNA序列比对 通信模型 并行编程 SMITH-WATERMAN算法 多核 流水线 群集 体系结构 
基于SVM和序列联配的攻击特征提取方法被引量：2
《中南大学学报（自然科学版）》2012年第11期4328-4332,共5页刘卫国 胡勇刚 
国家自然科学基金资助项目(61073187)
针对序列联配应用于攻击特征提取时的碎片和噪声干扰问题,采用SVM分类器将多攻击样本转换成单一攻击样本,以减少联配过程中的噪声序列;在两序列联配Smith-Waterman算法的基础上,改变空位罚分方式,引入连续匹配字符奖励,提出一种改进的Sm...
关键词：入侵检测 攻击特征自动提取 支持向量机 序列联配 SMITH-WATERMAN算法 
基于GPGPU的生物序列快速比对被引量：5
《计算机工程》2012年第4期241-244,共4页马海晨 韦刚 吴百峰 
在CPU-GPU异构平台下,提出一种高效的生物序列比对方案。该方案利用GPU的并行处理能力,通过对读延迟、写延迟、重组函数及数据传输进行优化,在OpenCL框架下重构Smith-Waterman算法,加快生物序列比对速度。实验结果证明,与CPU上传统的串...
关键词：生物信息学 序列比对 通用图形处理器 SMITH-WATERMAN算法 OpenCL框架 
面向OpenCL架构的大规模生物序列比对被引量：2
《小型微型计算机系统》2012年第2期392-398,共7页陈钢 韦刚 李国波 裴颂文 吴百锋 
上海市重点学科建设基金项目(B114)资助;AMD大学合作计划基金项目资助
为提高生物序列比对算法的性能和效率,提出一种异构处理平台下可移植的大规模生物序列比对算法及其优化方法.通过改变原有Smith-Waterman算法的计算流程和数据依赖关系,增加序列比对的并行性;通过改变存储器布局后使用向量数据类型,提...
关键词：OPENCL GPU 生物序列比对 SMITH-WATERMAN算法 
基于SSE2的Smith-Waterman算法并行优化
《赤峰学院学报（科学教育版）》2011年第7期107-112,共6页王艳 
高校省级优秀青年人才基金项目(2011SQRL184);教育部博士点新教师基金项目(20100111120023)
随着计算机技术的发展,单核处理器主频的提高已不能满足计算的需要,高性能计算与服务器领域迫切地需要多核处理器发挥强大的处理能力,多核计算技术已成为当今计算技术的发展趋势。文章基于Intel多媒体指令集SSE2,使用SIMD指令对Smith-Wa...
关键词：多核 序列比对 并行 优化 
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