双序列比对

作品数：30被引量：52H指数：4
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双序列比对基础和应用实例被引量：4
《生物信息学》2023年第1期1-19,共19页罗静初 
首先介绍序列比对的分子生物学基础,即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础,包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局...
关键词：双序列比对 相似性和同源性 整体比对和局部比对 点阵图 计分矩阵 空位罚分 血红蛋白 多肽毒素 植物转录因子 癌胚抗原 唾液酸酶 
EMBOSS软件包序列分析程序应用实例被引量：2
《生物信息学》2021年第1期1-25,共25页罗静初 
本文介绍欧洲分子生物学开放软件包EMBOSS序列分析程序应用实例。第1节简单介绍EMBOSS软件包的概况和基本用法。第2节介绍格式转换、序列提取、序列变换和序列显示等常用序列处理程序。第3节介绍序列比对程序,包括双序列比对、多序列比...
关键词：EMBOSS软件包 双序列比对 多序列比对 点阵图 核酸序列分析 蛋白质序列分析 
动态规划法进行基因双序列比对的探索和实现
《大理大学学报》2019年第12期6-11,共6页张晓玲 杨健 
大理大学“中国西南药用昆虫及蛛形类资源开发利用2011协同创新中心”2017年度开放课题（理大校办发〔2018〕16号）;云南省科技厅应用基础研究计划资助项目（2017FA050）;云南省地方本科高校（部分）基础研究联合专项（2018FH001-064）
动态规划法是生物信息学中一个最流行的解决方法,序列的比较、基因的识别、蛋白质序列的重排以及蛋白质结构和功能的分析等很多生物信息学中的问题都可以通过动态规划法解决,但是动态规划法消耗的时间太长,因此一般用于双序列比对问题...
关键词：序列比对 动态规划法 最优子结构性质 最优对准 
时空高效的允许插入空位的short-read比对被引量：1
《小型微型计算机系统》2019年第5期1004-1009,共6页杨永洁 钟诚 
国家自然科学基金项目(61462005)资助;广西自然科学基金项目(2014GXNSFAA118396)资助
short-read alignment(短序列比对)在下一代测序技术中得到广泛运用.精确识别测序序列中的gap(空位)是后续基因组解读的基础,而现有的允许空位的short-read比对算法效果并不理想或者不允许插入空位.对于查询序列和参考序列均为short re...
关键词：short-read比对 双序列比对 动态规划 gap识别 
异构机群系统中序列比对并行算法进展
《福建电脑》2019年第4期67-69,共3页李显宁 
广西机电职业技术学院异构机群系统上序列比对并行处理研究项目(No.[2008]KY014)资助
简要介绍生物序列比对问题,生物序列比对分为双序列比对和多序列比对两大类,介绍了双序列比对并行算法和多序列比对并行算法的研究现状,并分析它们的主要设计思想及其性能。最后,对异构机群计算环境下序列比对近似并行算法的研究进行简...
关键词：生物序列比对 序列比对 双序列比对 多序列比对 并行 
基于蚁群算法的双序列比对及其实现
《电子技术与软件工程》2018年第1期139-140,224,共3页李宏周 邹华梁 汪楠 莫德清 李吉平 
广西大学生创业训练项目阶段性成果;项目编号:201610595079
序列比对是生物信息学的基础,本文首先分析了基于动态规划的经典双序列比对方法,然后根据蚁群算法求解旅行商问题的思路,将旅行商问题与双序列比对问题简单比较了它们的异同点,并详述了基于蚁群算法的双序列比对步骤,根据双序列比对过...
关键词：蚁群算法 双序列比对 更新公式 
基于动态规划的基因双序列比对研究被引量：2
《现代计算机（中旬刊）》2017年第11期28-33,37,共7页罗志兵 
在生物信息学的研究中,最基础的问题是对生物序列进行分析,序列比对是最基本的操作。通过比对找出序列间的相似性,根据相似性进行同源性分析,推导出演化过程。因此,序列比对常用于研究由共同祖先进化而来的序列,特别是如蛋白质序列或DN...
关键词：生物信息学 序列比对 动态规划 
双序列比对算法的研究与改进被引量：2
《电子技术与软件工程》2017年第18期148-148,共1页李丹 
随着生物信息学的飞速发展,生物数据海量激增,序列比对作为生物学的计算核心,在其精确性和敏捷性方面都提出了更高的要求。在研究传统序列比对算法的基础上,本文提出一种改进的基于动态规划的全局双序列比对算法,有效降低了时间复杂度...
关键词：生物信息学双序列比对 动态规划 
双兔傍地走,安能辨雄雌——双序列比对工具介绍
《高校生物学教学研究（电子版）》2016年第1期3-4,共2页郑凌伶 
2015年7-11月期间，由教育部全国高校教师网络培训中心和《高校生物学教学研究（电子版）》杂志联合举办的“2015年全国高校（生命科学类）微课教学比赛”成功举行。全国各高校积极组织教师参赛，共收到来自15个省（市、自治区）的33所...
关键词：序列比对 双兔 《木兰诗》 核苷酸序列 生物信息学 雄兔 参数选择 兔眼 学习效果 教学过程 
DNA双序列比对问题的算法被引量：2
《计算机系统应用》2015年第9期112-117,共6页曹莉 许玉龙 邓崇彬 
河南省高等学校重点科研项目(15A520083);河南省2014年基础与前沿技术研究计划(142300410428;142300410391);河南中医学院苗圃工程项目(MP2013-74);河南省教育厅2011年自然科学研究项目(2011A520027);2014年度河南省教育厅科学技术研究重点项目(14A520070)
随着生物序列数据库中序列数据的激增,开发兼有高度生物敏感性和高效率的算法显得极为迫切.通过对生物序列比对问题中Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法深入分析,提出了Smith-Waterman算法的改进算法,并通过实验验证该算法,对...
关键词：生物信息学 双序列比对 算法 
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