石海鹤

作品数：27被引量：82H指数：6
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发文主题：PAR方法形式化方法PAR形式化开发循环不变式更多>>
发文领域：自动化与计算机技术文化科学生物学更多>>
发文期刊：《江西师范大学学报（自然科学版）》《微电子学与计算机》《计算机应用研究》《计算机研究与发展》更多>>
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生物序列比对动态规划算法的统一形式化构造与Isabelle验证
《计算机研究与发展》2025年第1期119-131,共13页石海鹤 蓝孙文 刘日明 石海鹏 王岚 钟林辉 
国家自然科学基金项目(62062039)。
序列比对是生物序列分析中的一个经典问题,旨在找出序列之间的相似性,它对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息都具有重要的意义.该问题可分为双序列比对和多序列比对2类,现有工作多针对特定算法展开,没有设计通用的求解方法;此外,...
关键词：序列比对 PAR方法 形式构造 Isabelle定理证明器 
基于强化学习的双生物序列比对优化算法
《江西师范大学学报(自然科学版)》2024年第5期464-471,490,共9页石海鹤 江浪 陈名森 王岚 
国家自然科学基金(62062039)资助项目.
该文设计了一种基于强化学习的双生物序列比对算法—QLalign,构建了序列比对问题的序列决策环境模型.基于Q-Learning算法的核心思想,将QLalign与环境模型进行动作决策-信息反馈的交互训练,不断优化决策的正确率,得到双生物序列比对问题...
关键词：生物信息学 序列比对 强化学习 Q-LEARNING 
改进的采样算法与无监督聚类相结合的软件缺陷预测模型
《江西师范大学学报（自然科学版）》2024年第3期301-310,共10页石海鹤 周世文 钟林辉 肖正兴 
国家自然科学基金(62062039,61872123);教育部高等学校科学研究发展中心专项课题(ZJXF2022255);江西师范大学研究生创新基金(YJS2022027)资助项目。
该文首先在自适应综合过采样算法ADASYN(adaptive synthetic sampling)的基础上,考虑少数类内部不同密度簇之间的连接性问题,将与采样点距离为中等的点纳入新样本生成范围,改进得到T-ADASYN过采样优化算法,有效地增加了少数类内部不同...
关键词：软件缺陷预测 类别不平衡 过采样算法 聚类算法 无监督学习 
图类算法可重用设计及其实现被引量：2
《江西师范大学学报（自然科学版）》2023年第1期52-60,共9页轩瑞 陈磊 石海鹤 
国家自然科学基金(62062039);江西省自然科学基金(20212BAB202017)资助项目.
为了提高图算法生成效率和可靠性,该文提出一种将领域特征模型与构件组装技术相结合的可重用的图类算法开发方法.首先,通过对一族图算法的深入分析,揭示出图类算法领域的共性特征和可变特征,建立领域特征模型;然后,分析特征之间的交互过...
关键词：图算法生成 特征模型 可重用设计 构件 
基于混合策略的de novo序列拼接算法构造被引量：2
《江西师范大学学报（自然科学版）》2022年第3期300-307,共8页肖存威 石海鹤 王岚 程柏良 
国家自然科学基金(62062039,61662035);江西省自然科学基金(20202BAB202024,20212BAB202017)资助项目.
在对3种de novo(从头)序列拼接的基本策略进行分析的基础上,该文研究了混合策略序列拼接算法的构造过程,从而整合多个单一策略优点;再利用形式化方法和形式化平台方面的优势,结合领域分析建模和产生式编程的方法,构造了2个基于OLC策略...
关键词：de novo序列拼接 混合策略 领域特征建模 产生式编程 形式化方法 
面向综合实践能力培养的OOP课程教学新实践被引量：1
《计算机教育》2022年第4期155-158,共4页化志章 揭安全 王岚 石海鹤 钟林辉 万中英 
江西省高等学校教学改革研究省级重点课题项目(JXJG-12-2-9,JXJG-19-2-6)。
为实现面向对象程序设计(OOP)课程的培养目标,针对综合实践能力培养,提出以“举一反三”能力作为突破口,用OBE理念指导基于案例的内容重塑和教学设计,形成以“精通基础设计框架、拥有丰富实践经验、具备专业思维能力”为特色的教学实施...
关键词：OOP 学为中心 过程性考核 能力培养 
多序列比对算法族的形式化设计与生成被引量：3
《计算机工程与科学》2020年第8期1383-1392,共10页张旭初 石海鹤 
国家自然科学基金(61662035,61762049,61862033)。
多序列比对问题是生物信息学研究的重要部分,是解决物种进化关系、基因组序列分析等问题的基础。多序列比对算法具有很高的专用性,不同的算法适用于不同的研究环境。目前常用的多序列比对软件是在生物信息学理论指导下利用多个子算法装...
关键词：多序列比对算法 特征模型 产生式编程 算法构件 PAR平台 
Apla与程序设计语言泛型特性比较研究被引量：8
《江西师范大学学报（自然科学版）》2019年第5期454-461,共8页左正康 刘志豪 黄箐 游珍 王昌晶 石海鹤 胡启敏 陶小明 
国家自然科学基金(61862033,61462039,61762049,61662035,61662036);江西省教育厅科技课题(GJJ160329)资助项目
面向对象编程(OOP)是以对象为编程核心,而泛型程序设计(GP)是根据一个类型所需要的操作需求进行分类和抽象,即GP是一种以类型需求为核心的程序设计范式.描述完整的GP类型需求包含静态语法约束和动态语义约束,主流程序设计语言已经支持...
关键词：泛型程序设计 动态语义约束 抽象程序设计语言 
基于动态规划的双序列比对算法构件设计与实现被引量：5
《计算机研究与发展》2019年第9期1907-1917,共11页石海鹤 周卫星 
国家自然科学基金项目(61662035,61762049,61862033)~~
双序列比对算法是生物信息学中的一个关键算法,广泛应用于序列相似性分析以及基因组序列数据库搜索.现有研究主要针对特定应用问题优化和使用相对应比对算法,缺乏高抽象层算法框架的细致研究,在一定程度上导致了序列比对算法的冗余性以...
关键词：双序列比对算法 动态规划 特征模型 构件交互模型 PAR平台 
高通量测序中序列拼接算法的研究进展被引量：6
《计算机科学》2019年第5期36-43,共8页周卫星 石海鹤 
国家自然科学基金项目(61662035;61762049;61862033);江西省自然科学基金项目(20171BAB202013)资助
高通量测序(High-throughput Sequencing,HTS)技术是继第一代测序技术之后发展起来的一种新型测序方式,又被称为下一代测序技术。与第一代测序技术中采用基于Sanger方法的自动、半自动毛细管测序方法不同,高通量测序技术采用了基于焦磷...
关键词：高通量测序技术 序列拼接算法 GREEDY Overlap-Layout-Consensus De Bruijn GRAPH 
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