多序列比对算法

作品数：15被引量：31H指数：3
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一种基于Yarn云平台的基因启发式多序列比对算法
《电子技术应用》2024年第11期16-22,共7页杨波 徐胜超 周继鹏 王志坚 
国家自然科学基金面上项目(61972444);广州华商学院校内科研导师制项目资助(2023HSDS34)。
提出一种基于Yarn云平台的基因启发式多序列比对算法。建立核酸替换等价矩阵作为基因启发式数学模型,构建Yarn云平台逻辑架构,通过对基因数据预处理、基因数据存储、基因序列比对、基因数据管理、基因数据分析等步骤,对数据分类保存,划...
关键词：生物数据 并行计算 分布式计算架构 分布式数据库系统 大数据处理平台 
一种面向生物基因多序列比对算法的任务调度方法
《计算机与现代化》2024年第7期7-12,共6页杨波 王宏杰 徐胜超 毛明扬 蒋金陵 蒋大锐 
国家自然科学基金面上项目(61972444);广州华商学院校内科研导师制项目(2023HSDS34)。
针对现阶段生物基因多序列比对算法在面对大规模数据时存在比对效率慢的问题,提出一种面向生物基因多序列比对算法的任务调度方法,以提高生物基因多序列比对的效率。通过Trie树方法对生物基因多序列数据展开分割处理,从而提高后续基因...
关键词：生物基因 任务调度 多序列比对 CPU与GPU BWT索引方法 
多序列比对算法族的形式化设计与生成被引量：3
《计算机工程与科学》2020年第8期1383-1392,共10页张旭初 石海鹤 
国家自然科学基金(61662035,61762049,61862033)。
多序列比对问题是生物信息学研究的重要部分,是解决物种进化关系、基因组序列分析等问题的基础。多序列比对算法具有很高的专用性,不同的算法适用于不同的研究环境。目前常用的多序列比对软件是在生物信息学理论指导下利用多个子算法装...
关键词：多序列比对算法 特征模型 产生式编程 算法构件 PAR平台 
基于多策略人工蜂群的多序列比对算法被引量：1
《控制与决策》2018年第11期1990-1996,共7页匡芳君 张思扬 刘传才 
国家自然科学基金项目(61373063;61233011;61402227)
多序列比对是生物信息学中最重要和最具挑战性的任务之一.基于多序列比对是NP完全组合优化问题,引入Tent混沌初始化种群策略、不同蜂种的邻域搜索策略和锦标赛选择策略等,提出一种基于多策略人工蜂群的多序列比对算法.该算法应用Tent混...
关键词：人工蜂群算法 多策略 Tent混沌初始化 邻域搜索 多序列比对 
基于扩展前缀树的协议格式推断方法被引量：2
《计算机工程与应用》2018年第12期14-20,共7页洪征 田益凡 张洪泽 吴礼发 
国家重点研发计划(No.2017YFB0802900)
对未知网络协议进行协议格式推断在网络安全领域具有重要意义。现有的协议格式推断方法存在时间复杂度高、精确度较低等问题。提出了一种基于扩展前缀树协议格式推断方法。该方法首先通过N-gram分词获取候选协议关键词,使用互信息进行...
关键词：协议格式推断 互信息 扩展前缀树 多序列比对算法 
第5讲 基于网络流量的协议格式推断技术研究进展
《军事通信技术》2017年第2期92-98,共7页田益凡 洪征 潘璠 张洪泽 
协议逆向分析技术是在不依赖协议规范的情况下,以网络流量或指令执行轨迹为分析对象,推断协议格式以及协议状态机的一种技术手段。基于网络流量的协议格式推断以截获的网络报文序列为分析对象,通过生物信息学或数据挖掘等方法,分析相同...
关键词：协议逆向 网络流量 协议格式推断 多序列比对算法 概率模型 
桌面网格计算平台在多序列比对算法中的运用
《计算机系统应用》2011年第3期169-172,209,共5页李金龙 贾晓雯 
提出了一种多序列比对ClustalW算法并行化处理的新方法ParaClustalW,该方法使用桌面网格计算平台作为高性能编程环境和运行平台。分析了多序列比对算法在桌面网格平台上的任务划分方式、并行化策略和实现技术。ParaClustalW策略考虑到...
关键词：桌面网格计算 计算模型 序列比对 生物信息学 并行计算 
多序列比对算法的研究进展被引量：7
《生物信息学》2010年第4期311-315,共5页邹权 郭茂祖 韩英鹏 李文滨 
国家自然科学基金重点项目(60932008);黑龙江省杰出青年科学基金(JC200611);黑龙江省自然科学重点项目基金(ZJG0705)
多序列比对在阐明一组相关序列的重要生物学模式方面起着十分重要的作用。自从计算机的出现,就有许多研究者致力于多序列比对算法。人类基因组计划和单体型计划使多序列比对研究再次成为研究热点。本文详细归纳了多序列比对的主要算法,...
关键词：多序列比对 SP值 NP难题 生物信息学 
基于量子粒子群优化和隐马尔可夫模型的多序列比对算法被引量：1
《计算机应用研究》2009年第7期2453-2456,共4页纪文娟 须文波 孙俊 
国家自然科学基金资助项目(60474030)
针对用Baum-Welch算法训练隐马尔可夫模型用于序列比对算法的搜索空间有限性容易陷入局部最优点的缺陷,提出一种用量子粒子群优化算法训练隐马尔可夫模型的生物多序列比对新方法。该方法克服了Baum-Welch算法在收敛性能上的缺陷,在整个...
关键词：多序列比对 隐马尔可夫模型 量子粒子群优化 SPS CS 
基于序列结构信息的多序列比对算法被引量：5
《微计算机信息》2007年第21期240-242,共3页张永 李其申 江泽涛 蔡虹 
江西省重点工业攻关项目(CB200506084);南昌航空工业学院博士启动基金(EA200506141)
在介绍生物信息学中多序列比对定义和原理的基础上,给出了序列结构信息集的表示形式和基于序列结构信息的度量函数,该函数只与参加比对序列自身信息有关,不受主观因素的影响,能更客观、有效地反映生物序列之间的进化距离。通过利用该函...
关键词：生物信息学 多序列比对 序列结构信息 
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