计算生物学

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ADAMTS9对甲状腺癌患者预后的影响及其作用机制
《精准医学杂志》2025年第2期153-157,共5页曹晓东 项承 
国家自然科学基金项目(81701727)。
目的探讨血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶-9(ADAMTS9)对甲状腺癌(thyroid can-cer,THCA)患者预后的影响及其潜在作用机制。方法从TCGA数据库获取THCA组织中ADAMTS9表达水平及患者临床资料,HPA数据库获取THCA组织中ADAMTS9蛋...
关键词：甲状腺肿瘤 ADAMTS9蛋白质 基因表达 预后 能量代谢 影响因素分析 计算生物学 数据库 遗传学 
基于贝叶斯超参数优化后随机森林回归模型探讨SPP2在女性肺腺癌中的作用机制
《国际呼吸杂志》2025年第3期192-206,共15页何杰 陈济 周奇银 李妮 黄娜 黄蓉飞 李佳 
四川省自然科学基金(2022NSFSC0725);成都医学院临床科研基金资助科研项目(2021LHJYPJ-03);成都医学院第一附属医院高层次引进人才科研启动基金(CYFY-GQ59)。
目的通过生物信息学和随机森林算法筛选核心基因SPP2,结合细胞实验探讨SPP2在女性肺腺癌中的调控机制。方法本研究为实验研究。从TCGA数据库中提取女性肺腺癌患者的临床信息和基因表达数据,使用"limma"包分析肿瘤样本和正常样本之间基...
关键词：肺腺癌 计算生物学 受体 雌激素 SPP2 女性 上皮间质转化 
基于双硫死亡相关基因构建心力衰竭临床诊断模型的价值
《中华老年心脑血管病杂志》2025年第3期370-373,共4页李省 陈霞 杨沛垚 郭艳丽 王丽 马克涛 
兵团指导性科技计划项目(2023ZD001);兵团财政科技计划项目(2020AB023)。
目的探究基于双硫死亡相关基因构建心力衰竭临床诊断模型的价值。方法获取训练集基因表达谱系列号(Gene Expression Omnibus Series,GSE)57345的差异表达双硫死亡相关基因,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(...
关键词：心力衰竭 计算生物学 免疫 细胞 基因表达 
人工智能与物理原理融合驱动的蛋白计算模拟技术
《生物工程学报》2025年第3期917-933,共17页刘保艳 李帅 苏浩 盛翔 
国家重点研发计划(2023YFA0916100);中国科学院战略性先导科技专项(XDC0110201)。
计算模拟驱动的生物元件、代谢网络乃至细胞系统的机理解析、定向改造和按需设计,可为解决不同层次的生物学问题提供新的技术方案,已成为生物制造的核心研究内容。在蛋白元件的计算模拟方面,基于物理原理的传统方法利用计算机软件和数...
关键词：人工智能 计算模拟 计算生物学 分子对接 分子动力学模拟 量子化学计算 
基于贪心策略的多毒株病毒全长参考基因组组装算法
《青岛大学学报(自然科学版)》2025年第1期24-29,共6页高梓煜 赵瑾 
国家自然科学基金(批准号:62202251)资助;山东省自然科学基金(批准号:ZR2022QF133)资助。
病毒基因组具有高度遗传异质性,传统组装方法的拼装结果存在片段化问题。为此,提出了一种基于贪心策略的方法(RK-Virus),通过k-mer提取、选取种子、序列扩展等步骤构建全长参考基因组。实验结果表明,RK-Virus拼装出的Contig数量始终为1...
关键词：参考基因组组装 病毒基因组 计算生物学 
胃癌预后相关基因的生物信息学鉴定
《精准医学杂志》2025年第1期60-64,共5页刘钊 刘睿 范海静 孙卉 吕静 张真 
目的筛选和鉴定胃癌预后相关的关键基因和通路,探讨胃癌发生发展的机制。方法从基因表达数据库中下载胃癌基因表达谱芯片数据集(GSE2685、GSE29272),通过在线分析工具GEO2R对胃癌组织和正常组织中的差异表达基因(DEGs)进行筛选;通过基...
关键词：胃肿瘤 预后 COL3A1基因 基因表达 计算生物学 数据库 遗传学 
基于生物信息学开发肿瘤信号通路相关肺腺癌预后模型与关键驱动基因识别
《国际呼吸杂志》2025年第2期143-152,共10页李京耕 车映刚 刘苗艳 张艰 
陕西省自然科学基础研究计划(2024JC-ZDXM-45)。
目的通过生物信息学方法开发与肿瘤信号通路相关的肺腺癌预后模型,并识别与肺腺癌发生相关的关键驱动基因。方法从TCGA数据库中收集450例肺腺癌组织和58例癌旁正常肺组织的转录组表达数据和临床特征,从GEO数据库中收集926例肺腺癌组织...
关键词：肺腺癌 肿瘤信号通路 计算生物学 机器学习 预后模型 
不同疗法对银屑病基因表达影响的生物信息学分析
《青岛大学学报(医学版)》2025年第1期64-68,共5页董程文 李凤娟 陈宏泉 
青岛西海岸新区科技项目基金(2020-61)。
目的通过生物信息学分析的方法,探究不同疗法对银屑病皮损基因表达的影响及相互作用。方法在GEO数据库中检索银屑病皮损及银屑病治疗相关基因数据,对数据集进行质量控制和预处理后筛选差异基因(DEGs)。通过GO和KEGG等工具对DEGs进行分...
关键词：银屑病 治疗 基因表达 计算生物学 
线粒体翻译起始因子(MTIF2)基因甲基化的特征及其与肝细胞癌发生的相关性分析
《临床肝胆病杂志》2025年第2期284-291,共8页谢华杰 常凯 王艳艳 那琬琳 蔡欢 刘霞 江忠勇 胡宗海 刘媛 
四川省自然科学基金(2022NSFSC1415);西部战区总医院应用基础研究项目(2021-XZYG-C22)。
目的结合生物信息学分析方法对线粒体翻译起始因子(MTIF2)基因的甲基化特征进行分析,并探讨其与肝细胞癌发生发展的关系。方法应用MethSurv、EWAS Data Hub软件对MTIF2甲基化样本进行标准化分析和聚类分析,内容包括生存曲线分析、甲基...
关键词：线粒体翻译起始因子 甲基化 癌 肝细胞 计算生物学 
计算生物学前沿进展及其应用态势分析
《生命科学》2025年第1期26-36,共11页江源 袁银池 李虹 刘樱霞 江洪波 毛开云 
上海市2024年度“科技创新行动计划”软科学研究项目(24692120900)。
计算思维与技术已成为生命科学研究的关键因素,促进了计算机科学与生物学间的融合。计算生物学推动科学家采用新方法建模、分析及解释,利用计算工具深化科学知识。计算生物学研究从基因调控解码到细胞信号转导理解,有望引领开创性发现。...
关键词：计算生物学 人工智能 分子模型 细胞图谱 空间组学 
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