一种优化的生物序列比对算法  

Optimized biology sequence alignment algorithm

作　　者：唐玉荣[1] 张彦娥[1] 

机构地区：[1]中国农业大学现代精细农业系统集成研究教育部重点实验室,北京100083

出　　处：《计算机工程与设计》2004年第11期1936-1937,1945,共3页Computer Engineering and Design

基　　金：北京市科技计划基金项目(H020720030530-1)。

摘　　要：序列比对是生物信息学中一种基本的信息处理方法,在序列比对所使用的算法中当前重点解决的问题是如何降低算法的时间和空间复杂度。在介绍基本动态规划原理的基础上,提出了一种基于动态规划思想的优化序列比对算法。对3种算法对比实验表明,该算法在保证其生物敏感性的基础上,有效地降低了时间和空间复杂度。Sequence alignment is a basic information disposal method in bioinformatics. It is an important problem to reduce time and space complexity in sequence alignment algorithm currently. So a dynamic programming algorithm element and presented an optimized sequence alignment algorithm are presented based on dynamic programming. The experimental result shows that the algorithm can reduce time and space complexity effectively on the basis of ensuring the biology sensitivity.

关 键 词：算法 空间复杂度 序列比对 生物序列 信息处理 动态规划 优化 敏感性 降低 生物信息学 

分 类 号：TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构] TP311.12[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]