基于语义路径覆盖的Gene Ontology术语间语义相似性度量方法  

作　　者：李荣[1] 曹顺良[2] 李园园[2] 谭灏[2] 朱扬勇[1] 钟扬[3] 李亦学[2] 

机构地区：[1]复旦大学计算机与信息技术系,上海200433 [2]上海生物信息技术研究中心,上海200235 [3]复旦大学生命科学学院,上海200433

出　　处：《自然科学进展》2006年第7期916-920,共5页

基　　金：国家"八六三"计划项目(2002AA231011);上海市科委重大项目(02DJ14013)资助

摘　　要：进行GO(gene ontology)语义相似性度量是解决生物学数据集成中语义异构问题的重要方法。传统方法主要是基于距离的度量和基于信息量的度量。文中提出了一种基于语义路径覆盖的度量方法,并实现了其中Combine算法。该算法首先计算出每个节点的信息量,然后分别计算两个节点的语义路径的交的节点信息量之和以及这两个节点语义路径的并的节点信息量之和,将这两者之间的比率作为相似性度量值。实验结果表明该算法具有较高的相关系数。

关 键 词：GENE ONTOLOGY 语义相似性度量 信息量 

分 类 号：TP391.41[自动化与计算机技术—计算机应用技术] TP311.52[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]