一般罚分(或得分)矩阵下的SPA算法  

SPA Algorithm Based on General Penalty/Score Matrix

作　　者：沈世镒[1] 张拓[1] 王奎[1] 

机构地区：[1]天津市南开大学数学科学学院与LPMC,天津300071

出　　处：《应用数学》2007年第3期627-632,共6页Mathematica Applicata

基　　金：国家自然科学基金(10271061;90208022);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助

摘　　要：本文在一般罚分(或得分)矩阵条件下推广SPA(Super Pairwise Alignment)算法,该算法是一种次优算法,与Smith-Waterman算法比较,计算速度有明显改进(计算复杂度随序列长度线性增长).We extended the SPA（Super Pairwise Alignment） algorithm based on general penalty/score matrix. This algorithm is a suboptimal algorithm but has ultra-fast speed compared with Smith-Waterman algorithm（The computational complexity grows linearly with the length of the sequence）.

关 键 词：一般罚分(或得分)矩阵 SPA算法 线性复杂度 

分 类 号：O212.3[理学—概率论与数理统计]