王奎

作品数：6被引量：5H指数：2
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发文主题：VALUE序列对二面角广义极值分布动态时间规整更多>>
发文领域：理学生物学自动化与计算机技术更多>>
发文期刊：《工程数学学报》《计算机工程与应用》《应用数学》《生物数学学报》更多>>
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基于序列和局部信息熵的蛋白质折叠速率预测模型被引量：2
《工程数学学报》2010年第6期959-966,共8页高建召 胡刚 王奎 沈世镒 
国家自然科学基金(10671100;20836005);刘徽应用数学研究中心;天津大学;南开大学联合研究项目;天津市自然科学基金(07JCZDJC06400)~~
正确预测蛋白质折叠速率对理解蛋白质的折叠机制非常重要。本文从AAindex数据库中的531种残基物理化学性质、序列长度信息和局部结构信息熵中筛选特征,从而提出了一个基于蛋白质序列信息的线性回归模型。针对三种折叠机制two-state,mult...
关键词：蛋白质折叠速率 基因序列的预测方法 局部结构信息熵 线性回归 
利用蛋白质的二面角序列对蛋白质结构比对被引量：2
《计算机工程与应用》2009年第32期5-8,221,共5页高建召 胡刚 王奎 崔家峰 
国家自然科学基金No.10671100;天津市自然科学基金No.07JCZDJC06400~~
蛋白质结构比对对理解蛋白质功能和进化关系非常重要。提出一种基于蛋白质残基的二面角的结构比对算法。通过动态时间规整算法比对二面角序列,来比较蛋白质的结构,拟合两蛋白结构距离的分布后,利用p-value来评价比对的好坏。主要结果有...
关键词：蛋白质结构比对 广义极值分布 二面角序列 动态时间规整 p—value 
用SVM和FFT对膜蛋白功能分类
《计算机工程与应用》2009年第17期22-25,共4页高建召 王奎 胡刚 张华 
国家自然科学基金(No.10271061;No.90208022;No.10671100;No.68075049);天津市自然科学基金(No.07JCZDJC06400)。~~
膜蛋白在细胞生命活动中扮演着重要的角色。目前,有很多方法用来预测和分类膜转运蛋白。然而,预测膜蛋白功能的工作并不多。为了解决这个问题,基于蛋白质序列信息结合快速傅里叶变换利用支持向量机的方法预测来自TCDB数据库中的channels...
关键词：支持向量机 快速傅里叶变换 疏水性 平均极性 溶剂化自由能 
原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析
《生物数学学报》2009年第1期33-39,共7页沈世镒 高建召 胡刚 王奎 
天津大学;南开大学联合研究项目;刘徽应用数学研究中心与国家自然科学基金(10271061;90208022)资助
基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全...
关键词：基因组的p_0-MORF序列 MORF生成算法 CDS与ORF序列集合的相互关系 
一般罚分(或得分)矩阵下的SPA算法被引量：1
《应用数学》2007年第3期627-632,共6页沈世镒 张拓 王奎 
国家自然科学基金(10271061;90208022);天南大联合研究项目;刘徽应用数学研究中心资助
本文在一般罚分(或得分)矩阵条件下推广SPA(Super Pairwise Alignment)算法,该算法是一种次优算法,与Smith-Waterman算法比较,计算速度有明显改进(计算复杂度随序列长度线性增长).
关键词：一般罚分(或得分)矩阵 SPA算法 线性复杂度 
多重序列突变网络系统分析与应用
《工程数学学报》2006年第4期632-640,共9页沈世镒 胡刚 王奎 董骝焕 
天津大学;南开大学联合研究项目刘徽应用数学研究中心与国家自然科学基金(1027106190208022).
为分析多重生物序列的突变结构,首先是要作它们的多重比对,在多重比对基础上可作出各序列的系统树与最小距离树,在最小距离树中如果把它们的弧用突变模结构来表示,那么我们称由此所产生的数学模型为多重序列突变网络系统(以下简称突变网...
关键词：多重序列突变网络系统 突变网络的正交化理论 SARS序列分析 
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