原核生物基因组的CDS与ORF序列的几点分析  

Analysis of CDS and ORF in Prokaryotic Genomes

作　　者：沈世镒[1] 高建召[1] 胡刚[1] 王奎[1] 

机构地区：[1]南开大学数学科学学院与LPMC,天津300071

出　　处：《生物数学学报》2009年第1期33-39,共7页Journal of Biomathematics

基　　金：天津大学;南开大学联合研究项目;刘徽应用数学研究中心与国家自然科学基金(10271061;90208022)资助

摘　　要：基因组的开放阅读框(ORF)是基因识别与基因组分析的基础,有多种软件包给出了它们的生成算法,但结果与指标并不统一.本文给出了po-MORF的定义与它的生成算法,证明了由基因组所确定的po-MORF集合的存在与唯一性,并由该生成算法可以得到全部po-MORF序列.我们还比较了若干原核生物基因组中所有CDS与po-MORF序列的相互关系,并讨论了关于基因识别中的有关问题.ORF is the basis of gene identification and genome analysis.There are lots of software to predict ORF,however,the results and indicators are not same.In this article,we give a new algorithm MORF,which is base on terminator,and a theorem which proves the existence and uniqueness of po-MORF.We also compare the CDS with po-MORF in S.Coehcolor A3（2） genomes and discuss relative problem in gene identification.

关 键 词：基因组的p_0-MORF序列 MORF生成算法 CDS与ORF序列集合的相互关系 

分 类 号：O29[理学—应用数学]