一种改进的研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势方法  

作　　者：苏煜[1] 李文飞[1] 张建[1] 王骏[1] 王炜[1] 

机构地区：[1]南京大学固体微结构物理国家重点实验室,南京大学物理系南京210093

出　　处：《科学通报》2007年第21期2487-2493,共7页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家自然科学基金(批准号:90403120;10474041;10504012)资助项目

摘　　要：在原子水平上发展了一种距离相关的用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势(potential of mean force,简称PMF)方法.与传统理论模型相比,我们的模型考虑了蛋白质系统的复杂环境因素.这种改进使得该模型能够给出物理上更合理和准确的势函数形式.得到这样的势函数是正确描述蛋白质结构及相互作用的前提条件.而且借助于改进后的方法,还可以对蛋白质中残基相互作用的空间拓扑规律进行研究.期望这种改进将促进平均势方法在蛋白质科学其他领域,如蛋白质折叠识别,结构预测及热稳定性预测中的应用和发展.

关 键 词：基于知识的方法 平均势(PMF) 蛋白质-蛋白质相互作用 

分 类 号：Q51[生物学—生物化学]