王骏

作品数：13被引量：14H指数：2
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发文主题：蛋白质蛋白质折叠蛋白质分子分子模拟卷积神经网络更多>>
发文领域：生物学理学自动化与计算机技术环境科学与工程更多>>
发文期刊：《物理学报》《科技资讯》《南京大学学报（自然科学版）》《物理学进展》更多>>
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融合结构知识的蛋白质预训练模型进展
《物理学报》2024年第18期1-15,共15页汤天一 熊翊名 张睿格 张建 李文飞 王骏 王炜 
科技部科技创新项目(批准号:2030-2021ZD0201300);国家自然科学基金(批准号:11934008)资助的课题。
自然语言和图像处理领域引发的人工智能革命给蛋白质计算领域带来了新的思路和研究范式.其中一个重大的进展是从海量蛋白质序列通过自监督学习得到预训练的蛋白质语言模型.这类预训练模型编码了蛋白质的序列、进化、结构乃至功能等多种...
关键词：蛋白质基础模型 蛋白质多模态模型 蛋白质结构 机器学习 
机器学习在蛋白质疏水相互作用模型研究中的应用
《南京大学学报（自然科学版）》2023年第6期919-927,共9页冯晨博 马维强 程润 王骏 
国家自然科学基金(11774157,11934008)
疏水相互作用是一种十分复杂的非线性多体等效相互作用,在蛋白质折叠中发挥着主导作用,对蛋白质溶剂可及表面积(SASA)的分析是刻画该作用的重要手段.为了解决SASA解析或数值方法难以平衡计算成本和精确度的问题,将机器学习方法应用于蛋...
关键词：蛋白质折叠 疏水相互作用 溶剂可及表面积(SASA) 机器学习 
基于蛋白质序列的氨基酸字母表简化
《南京大学学报（自然科学版）》2022年第1期103-114,共12页张鑫鹏 王骏 王炜 
国家自然科学基金(11774157,11934008)。
蛋白质的结构和功能特性由其氨基酸序列编码,控制序列结构映射的规则被认为是二级遗传密码,氨基酸字母表的简化可以减少蛋白质序列中的冗余,有助于揭示编码规则.基于氨基酸的单体特征、成对相互作用和相似性,可以简化氨基酸字母表.目前...
关键词：序列信息 氨基酸相互作用 AA2Vec 氨基酸字母表 
基于卷积神经网络的蛋白质折叠类型最小特征提取被引量：1
《南京大学学报（自然科学版）》2020年第5期744-753,共10页潘越 王骏 李文飞 张建 王炜 
国家自然科学基金(11774157,11774158,11974173,11934008)。
通过蛋白质的序列、结构等信息构建完整的蛋白质宇宙是生物信息学中的重要课题,相关研究对蛋白质结构预测、蛋白质进化路径分析以及蛋白质结构设计等方面的研究都有重要的意义.从蛋白质结构的一种简化表示——蛋白质接触图出发,通过训...
关键词：蛋白质宇宙 深度学习 卷积神经网络 蛋白质折叠类型识别 
结合区域检测和注意力机制的胸片自动定位与识别被引量：1
《南京大学学报（自然科学版）》2020年第4期591-600,共10页朱伟 张帅 辛晓燕 李文飞 王骏 张建 王炜 
国家自然科学基金(11774158,31671026,11774157,11574132)。
胸部X光片(以下简称胸片)是胸部相关疾病的常用诊断手段,具有辐射量低、速度快、价格低廉等优点,但样本数量巨大,所以开发基于人工智能的、对胸片进行自动识别、分类以及定位的系统具有重大的应用价值.由于胸片拍摄设备不同、胸片质量...
关键词：胸片 深度学习 卷积神经网络 标注框数据集 区域检测网络 注意力机制网络 
内禀无序蛋白构象与带电氨基酸残基排布关系--以精氨酸和天冬氨酸组成的随机多肽为例被引量：1
《物理学报》2018年第5期264-271,共8页康文斌 王骏 王炜 
国家重点基础研究发展计划(批准号：2013CB834100);国家自然科学基金(批准号：11334004,11174133,81421091,11774157);2017年国家级大学生创新创业训练计划(批准号：201710929002);湖北医药学院研究生启动金(批准号：2011QDZR-11)资助的课题
内禀无序蛋白的结构特征与其氨基酸序列有着密切的联系.其中一个核心问题是正负带电氨基酸残基的排列如何影响无序蛋白或者多肽的构象?为了回答这一问题,本研究以天冬氨酸和精氨酸两种带电残基组成的随机多肽为研究对象,利用全原子蒙特...
关键词：内禀无序蛋白 构象 序列 分子模拟 
与激光聚变、自然灾害和深空探测等相关的非线性动力学斑图和轨道稳定性研究2013年度报告
《科技资讯》2016年第34期247-248,共2页王炜 王骏 
在激光聚变的稳定性分析和刻画方面,针对激光聚变中预热烧蚀RT不稳定性、界面流体不稳定性、激光-等离子体相互作用中的多种不稳定性现象开展全面的研究,对不稳定性导致的斑图演化定量规律、多种不稳定性的竞争以及多种因素对不稳定性...
关键词：激光聚变 灾变 深空探测 生物信号转导 
二氧化硫分子通过增强二次成核促进纤维的生长:基于分子动力学的模拟研究被引量：2
《化学学报》2016年第8期694-702,共9页康文斌 夏耘 王骏 王炜 
国家自然科学基金(Nos.11334004;11174133;81421091);国家科技部973项目(No.2013CB834100)资助~~
空气污染是一种常见的现象.空气污染物是诱发各类疾病的重要因素之一.以二氧化硫分子为代表,研究了它与Aβ17-42原纤维之间的相互作用.伞形抽样模拟表明,二氧化硫分子的引入减少了纤维的解离自由能.分析各氨基酸残基结合二氧化硫的频数...
关键词：二氧化硫 淀粉样纤维 分子动力学模拟 解离自由能 二次成核 
生物大分子多尺度理论和计算方法被引量：3
《物理学报》2015年第9期168-176,共9页李文飞 张建 王骏 王炜 
国家自然科学基金(批准号:11174134;11334004;11274157;11174133);江苏省自然科学基金(批准号:BK2011546)资助的课题~~
分子模拟是研究生物大分子的重要手段.过去二十年来,人们将分子模拟与实验研究相结合,揭示出生物大分子结构和动力学方面的诸多重要性质.传统分子模拟主要采用全原子分子模型或各种粗粒化的分子模型.在实际应用中,传统分子模拟方法通常...
关键词：生物大分子 多尺度模型 分子模拟 粗粒化 
一种改进的研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势方法
《科学通报》2007年第21期2487-2493,共7页苏煜 李文飞 张建 王骏 王炜 
国家自然科学基金(批准号:90403120;10474041;10504012)资助项目
在原子水平上发展了一种距离相关的用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势(potential of mean force,简称PMF)方法.与传统理论模型相比,我们的模型考虑了蛋白质系统的复杂环境因素.这种改进使得该模型能够给出物理上更合理和准确的势...
关键词：基于知识的方法 平均势(PMF) 蛋白质-蛋白质相互作用 
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