张建

作品数：10被引量：46H指数：3
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供职机构：南京大学物理学院更多>>
发文主题：蛋白质卷积神经网络人工智能网络训练样本集更多>>
发文领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生一般工业技术更多>>
发文期刊：《南京大学学报（自然科学版）》《物理学进展》《医学影像学杂志》《物理学报》更多>>
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融合结构知识的蛋白质预训练模型进展
《物理学报》2024年第18期1-15,共15页汤天一 熊翊名 张睿格 张建 李文飞 王骏 王炜 
科技部科技创新项目(批准号:2030-2021ZD0201300);国家自然科学基金(批准号:11934008)资助的课题。
自然语言和图像处理领域引发的人工智能革命给蛋白质计算领域带来了新的思路和研究范式.其中一个重大的进展是从海量蛋白质序列通过自监督学习得到预训练的蛋白质语言模型.这类预训练模型编码了蛋白质的序列、进化、结构乃至功能等多种...
关键词：蛋白质基础模型 蛋白质多模态模型 蛋白质结构 机器学习 
基于乳腺超声视频流和自监督对比学习的肿瘤良恶性分类系统被引量：1
《南京大学学报（自然科学版）》2024年第1期26-37,共12页唐蕴芯 廖梅 张艳玲 张建 陈皓 王炜 
国家自然科学基金(11774158)
乳腺超声广泛应用于乳腺肿瘤诊断,基于深度学习的肿瘤良恶性分类模型可以有效地辅助医生诊断,提高效率,降低误诊率,然而,由于标注数据的高成本问题,限制了此类模型的开发和应用.为此,从乳腺超声视频中构建了无标注预训练数据集,包含1180...
关键词：乳腺超声 深度学习 自监督学习 对比学习 预训练模型 三胞胎网络 
基于深度卷积神经网络的RNA三维结构打分函数
《南京大学学报（自然科学版）》2022年第3期369-376,共8页杜渊洋 邓成伟 张建 
国家自然科学基金(11774158,12090052,11334004)。
非编码RNA的三维结构对于人们理解和干预其生物功能具有重要的意义,从计算的角度发展RNA结构预测方法可以加速结构获取过程,对三维结构进行评分是进行结构预测的关键步骤.近年来,基于机器学习的方法,如AlphaFold2,已在分子结构预测领域...
关键词：RNA结构预测 打分函数 卷积神经网络 深度学习 机器学习 
基于卷积神经网络的蛋白质折叠类型最小特征提取被引量：1
《南京大学学报（自然科学版）》2020年第5期744-753,共10页潘越 王骏 李文飞 张建 王炜 
国家自然科学基金(11774157,11774158,11974173,11934008)。
通过蛋白质的序列、结构等信息构建完整的蛋白质宇宙是生物信息学中的重要课题,相关研究对蛋白质结构预测、蛋白质进化路径分析以及蛋白质结构设计等方面的研究都有重要的意义.从蛋白质结构的一种简化表示——蛋白质接触图出发,通过训...
关键词：蛋白质宇宙 深度学习 卷积神经网络 蛋白质折叠类型识别 
结合区域检测和注意力机制的胸片自动定位与识别被引量：1
《南京大学学报（自然科学版）》2020年第4期591-600,共10页朱伟 张帅 辛晓燕 李文飞 王骏 张建 王炜 
国家自然科学基金(11774158,31671026,11774157,11574132)。
胸部X光片(以下简称胸片)是胸部相关疾病的常用诊断手段,具有辐射量低、速度快、价格低廉等优点,但样本数量巨大,所以开发基于人工智能的、对胸片进行自动识别、分类以及定位的系统具有重大的应用价值.由于胸片拍摄设备不同、胸片质量...
关键词：胸片 深度学习 卷积神经网络 标注框数据集 区域检测网络 注意力机制网络 
CT图像分辨率对人工智能肺结节辅助诊断系统诊断准确性的影响被引量：28
《医学影像学杂志》2020年第6期965-968,共4页杨尚文 胡安宁 徐亚运 张帅 张建 卢玉 刘柏韵 张冰 杨雯 辛小燕 
江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目(编号:2016-WSN-160);江苏省南京市卫生科技发展专项基金项目医药卫生科研课题(编号:YKK18062)。
目的探讨肺部CT图像分辨率对人工智能(AI)辅助诊断软件肺结节诊断准确性的影响。方法前瞻性收集2019年9月~10月来我院行胸部CT平扫检查的患者35例。每位患者的肺部图像均使用两种不同分辨率进行重建,使用常规高分辨率512×512矩阵重建的...
关键词：肺结节 人工智能 深度学习 超高分辨率 
基于深度学习的胸部平片人工智能自动诊断模型的设计及研究被引量：10
《实用放射学杂志》2020年第5期822-825,共4页辛小燕 张帅 蒋宛平 汤子洋 佟琪 张艳秋 李丹燕 张建 张冰 
江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目(2016-WSN-160);南京市卫生科技发展专项基金项目医药卫生科研课题(YKK18062).
目的基于深度学习的方法,建立胸部X线平片人工智能诊断生成系统,并对其诊断性能进行初步研究.方法采用人工智能深度学习的方法,建立胸部X线平片人工智能自动诊断生成系统,预先用已经发布的数据集ChestX-ray8在监督模式下训练了编码器....
关键词：胸部X线检查 机器学习 深度学习 神经网络 注意机制 
生物大分子多尺度理论和计算方法被引量：3
《物理学报》2015年第9期168-176,共9页李文飞 张建 王骏 王炜 
国家自然科学基金(批准号:11174134;11334004;11274157;11174133);江苏省自然科学基金(批准号:BK2011546)资助的课题~~
分子模拟是研究生物大分子的重要手段.过去二十年来,人们将分子模拟与实验研究相结合,揭示出生物大分子结构和动力学方面的诸多重要性质.传统分子模拟主要采用全原子分子模型或各种粗粒化的分子模型.在实际应用中,传统分子模拟方法通常...
关键词：生物大分子 多尺度模型 分子模拟 粗粒化 
纳米材料与生物分子的相互作用与微结构特性被引量：2
《物理学进展》2012年第6期285-293,共9页过馨露 张建 王炜 
国家自然科学基金项目(10974088;10834002;91127026);江苏省自然科学基金项目(BK2009008)
纳米材料是物理、化学、生物等领域所广泛关注的研究方向,主要分为无机材料、有机材料及复合材料。其中由纳米粒子与生物分子组成的复合材料因具有独特的光学、化学、电磁学等性质,在医学和医疗等方面有着良好的应用前景。此外,利用生...
关键词：纳米材料 蛋白质 DNA 生物膜 作用机制 
一种改进的研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势方法
《科学通报》2007年第21期2487-2493,共7页苏煜 李文飞 张建 王骏 王炜 
国家自然科学基金(批准号:90403120;10474041;10504012)资助项目
在原子水平上发展了一种距离相关的用于研究蛋白质-蛋白质相互作用的平均势(potential of mean force,简称PMF)方法.与传统理论模型相比,我们的模型考虑了蛋白质系统的复杂环境因素.这种改进使得该模型能够给出物理上更合理和准确的势...
关键词：基于知识的方法 平均势(PMF) 蛋白质-蛋白质相互作用 
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