打分函数

作品数:45被引量:74H指数:5
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相关作者:王存新李春华陈慰祖常珊王任小更多>>
相关机构:北京工业大学中国科学院中国科学院大学浙江大学更多>>
相关期刊:《平顶山学院学报》《武警后勤学院学报(医学版)》《计算机应用与软件》《太原理工大学学报》更多>>
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基于随机森林的TRPV1通道与调节剂的分子对接重打分模型构建
《防化研究》2024年第5期70-76,共7页郭怡萱 杨芷江 黄腾鑫 王云帆 潘里 王亮亮 丁俊杰 
本研究旨在利用随机森林算法开发一种针对瞬时受体电位香草酸-1(Transient Receptor Potential Vanilloid-1,TRPV1)通道特异性分子对接的重打分模型TRPV1-Rescore,以寻找潜在的TRPV1调节剂。依托ChEMBL数据库检索与TocoDDB网站生成,获得...
关键词:TRPV1通道 调节剂 随机森林 分子对接 打分函数 
基于分子对接和靶标特异性打分函数的化合物hERG心脏毒性预测
《中国药学杂志》2022年第19期1645-1650,共6页孟金蕙 张力 王廉馨 刘黎黎 刘苗 刘宏生 
国家自然科学基金资助项目资助(82003655);辽宁省科技厅重点研发计划项目资助(2019JH2/10300041);辽宁省教育厅科学研究经费项目资助(LQN201906)。
目的开发基于机器学习的人类快速延迟整流性钾通道基因(the human Etherh-à-go-go-Reloted Gene,hERG)特异性打分函数(RF-hERG-Score),用于预测化合物对hERG的抑制活性(pIC_(50))。方法采用随机森林算法,以AutoDock Vina(传统打分函数...
关键词:人类快速延迟整流性钾通道基因 毒性预测 分子对接 机器学习 打分函数 
基于深度卷积神经网络的RNA三维结构打分函数
《南京大学学报(自然科学版)》2022年第3期369-376,共8页杜渊洋 邓成伟 张建 
国家自然科学基金(11774158,12090052,11334004)。
非编码RNA的三维结构对于人们理解和干预其生物功能具有重要的意义,从计算的角度发展RNA结构预测方法可以加速结构获取过程,对三维结构进行评分是进行结构预测的关键步骤.近年来,基于机器学习的方法,如AlphaFold2,已在分子结构预测领域...
关键词:RNA结构预测 打分函数 卷积神经网络 深度学习 机器学习 
结合层级注意力的抽取式新闻文本自动摘要被引量:6
《计算机科学与探索》2022年第4期877-887,共11页王红斌 金子铃 毛存礼 
国家自然科学基金(61966020)。
由于抽取式摘要抽取句子有较强的人为判断主观性,不能准确客观评测出文章中实际每个句子对摘要的重要程度,以及每句话中每个词对句子重要程度的影响,从而影响了摘要的抽取质量。针对该问题,提出了一种结合层级注意力的抽取式新闻文本自...
关键词:英文新闻 抽取式摘要 层级注意力 打分函数 
分子对接预测病毒表位的研究进展被引量:8
《中国病毒病杂志》2019年第4期296-302,共7页李子真 黄洋 俞海 李少伟 夏宁邵 
国家自然科学基金(81571996);福建省自然科学基金(2017J07005)
分子对接技术是基于相互作用分子的结构特征,预测蛋白质或酶与配体相互作用细节和反应机制的方法。与一般的实验方法比较,其具有快捷、自动化、高通量、低成本和信息丰富等特点。至今,由于局限于有限的结构信息,特别是分子的相互作用,...
关键词:分子对接 搜索算法 打分函数 表位预测 肽疫苗 病毒表位 
CAPRI第32~37轮竞赛中蛋白质复合物结构的预测和评估
《北京工业大学学报》2017年第12期1828-1836,共9页张大为 许晓双 孔韧 陆旭峰 陆振宇 常珊 
NSFC-广东联合基金(第二期)超级计算科学应用研究专项(U1501501);国家自然科学基金资助项目(11647146;81603852);江苏省六大人才高峰资助项目(2016-XYDXXJS-020);江苏省产学研前瞻资助项目(BY2016030-06)
为了探究蛋白质复合物的结构与相互作用,建立了蛋白质的分子对接方法,从2014年起参加蛋白质复合物结构预测竞赛的预测和打分竞赛.该方法首先采用结构模建方法预测单体蛋白质分子的结构,通过快速傅里叶变换进行全空间构象搜索.然后,优化...
关键词:蛋白质分子对接 复合物结构预测 打分函数 
蛋白质-RNA对接中打分函数设计及RNA结合位点识别研究进展被引量:1
《北京工业大学学报》2017年第12期1779-1786,共8页李春华 刘洋 陆林 马梦琳 谭建军 张小轶 王存新 
国家自然科学基金资助项目(11474013);北京市自然科学基金资助项目(4152011)
分子对接是目前研究蛋白质-RNA相互作用与识别的有效方法之一.其中,打分函数的合理设计与分子结合位点的准确识别对成功预测蛋白质-RNA复合物结构至关重要.结合小组的工作,对用分子对接方法预测蛋白质-RNA复合物结构中所涉及2个关键性问...
关键词:蛋白质-RNA相互作用 分子对接 打分函数 RNA结合位点预测 
基于部分互信息和贝叶斯打分函数的基因调控网络构建算法被引量:4
《西北工业大学学报》2017年第5期876-883,共8页刘飞 张绍武 高红艳 
国家自然科学基金(91430111;61473232;61170134)资助
从基因表达数据出发重构基因调控网络,可有效挖掘基因间调控关系,深层次地理解生物调控过程。传统的相关性系数模型、偏相关系数模型仅能发现基因间线性关系,而互信息和条件互信息可用于发现基因间的非线性关系,且能够处理高维低样本基...
关键词:部分互信息 互信息测试打分 贝叶斯网络 协方差矩阵 基因调控网络 
运用双向LSTM拟合RNA二级结构打分函数被引量:2
《计算机应用与软件》2017年第9期232-239,共8页王帅 蔡磊鑫 顾倜 吕强 
国家自然科学基金项目(61170125)
RNA二级结构的打分函数在RNA二级结构预测中扮演着越来越重要的角色。目前对RNA二级结构的打分函数并没有很好地抓住RNA的折叠机制。我们认为递归神经网络层与层之间的信息传递方式和RNA的折叠方式有相似之处。提出使用双向LSTM(Long Sh...
关键词:RNA 打分函数 二级结构 双向LSTM 
三种人冠状病毒纤突蛋白与人受体分子对接研究被引量:1
《武警后勤学院学报(医学版)》2017年第5期392-396,F0003,共6页陶靖隆 王爱昕 关超玲 王俊虹 赵国平 魏茂提 
武警后勤学院博士启动金项目(WHB201208)
【目的】通过对急性呼吸窘迫综合症冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-Co V)、NL63型冠状病毒NL63(human coronavirus NL63,NL63-Co V)和中东呼吸道冠状病毒(Middle-East respiratory syndrome coronavirus,...
关键词:冠状病毒 纤突蛋白 蛋白质-蛋白质对接 打分函数 
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