参数序列比对算法研究(英文)  

Research of parametric sequence alignment algorithm

作　　者：张涛涛[1] 郭茂祖[1] 邹权[1] 

机构地区：[1]哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨150001

出　　处：《生物信息学》2008年第2期65-67,84,共4页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：国家自然科学基金(No.60671011,No.60761001);黑龙江省杰出青年科学基金(No.JC200611);黑龙江省留学回国人员科技项目;哈尔滨工业大学校基金(No.HIT.2003.53)

摘　　要：序列比对是生物信息学中的一项重要任务,通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。序列比对结果的生物学意义与所选择的匹配、不匹配、插入和删除以及空隙的罚分函数密切相关。现介绍一种参数序列比对方法,该方法把最佳比对作为权值和罚分的函数,可以系统地得到参数的选择对最佳比对结果的影响。然后将其应用于RNA序列比对,分析不同的参数选择对序列比对结果的影响。最后指出参数序列比对算法的应用以及未来的发展方向。Sequence alignment is an important task in bioinformaties. We may discover functional,structural and evolutionary information in biological sequences by sequence comparing. The biological significance of the resulting alignment can be greatly affected by the choice of parameter settings for matches, mismatches, insertions, deletions and gaps. Firstly, parametric sequence alignment is introduced in this paper. It avoids the problem of choosing fixed parameter settings by computing the optimal alignment as a function of variable parameters for weights and penalties. Thus parametric alignment allows the bioinformaties researchers to see systematically, the effect of parameter choices on the optimal alignment. Next, we apply it to RNA sequence alignments and analyze how the different parameter choices influence the optimal alignment. Lastly, the application and development directions are pointed out.

关 键 词：参数序列比对 多边形分解 牛顿射线搜索算法 参数空间 

分 类 号：Q811.4[生物学—生物工程] TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]