张涛涛

作品数：3被引量：36H指数：3
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供职机构：哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院更多>>
发文主题：RNA二级结构预测DNAAHO-CORASICK算法关键字多序列比对更多>>
发文领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
发文期刊：《电子学报》《生物信息学》更多>>
所获基金：国家自然科学基金黑龙江省杰出青年科学基金黑龙江省留学归国人员基金国家高技术研究发展计划更多>>
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基于关键字树的DNA多序列星比对算法被引量：9
《电子学报》2009年第8期1746-1750,共5页邹权 郭茂祖 王晓凯 张涛涛 
国家自然科学基金(No.60671011;No.60741001;No.60871092);黑龙江省杰出青年科学基金(No.JC200611);黑龙江省自然科学重点项目基金(No.ZJG0705)
在构建进化树、比较单体型序列等生物信息学研究中,需要比对多个相似程度很高的DNA序列.对于数量多、序列长的多序列比对问题,通常使用时间复杂度较低的星比对算法.然而在处理大规模数据时,星比对的平方时间复杂度依然不能满足需要.因此...
关键词：多序列比对 星比对 关键字树 AHO-CORASICK算法 生物信息学 
参数序列比对算法研究(英文)被引量：4
《生物信息学》2008年第2期65-67,84,共4页张涛涛 郭茂祖 邹权 
国家自然科学基金(No.60671011,No.60761001);黑龙江省杰出青年科学基金(No.JC200611);黑龙江省留学回国人员科技项目;哈尔滨工业大学校基金(No.HIT.2003.53)
序列比对是生物信息学中的一项重要任务,通过序列比对可以发现生物序列中的功能、结构和进化的信息。序列比对结果的生物学意义与所选择的匹配、不匹配、插入和删除以及空隙的罚分函数密切相关。现介绍一种参数序列比对方法,该方法把最...
关键词：参数序列比对 多边形分解 牛顿射线搜索算法 参数空间 
RNA二级结构预测方法综述被引量：24
《电子学报》2008年第2期331-337,共7页邹权 郭茂祖 张涛涛 
国家自然科学基金(No.60741001;No.60761001;No.60671011);国家863高技术研究发展计划基金(No.2007AA01Z171);黑龙江省杰出青年科学基金(No.JC200611);黑龙江省自然科学重点项目(No.ZJG0705);哈尔滨工业大学校基金(No.HIT.2003.53)
RNA二级结构预测是计算分子生物学中的一个重要领域.本文介绍了RNA二级结构的预测方法,包括该问题的数学模型、主要算法思想以及每种算法对应的软件.在tRNA和RNase P RNA数据库中随机选取了几组样例对目前主要的7种软件进行测试,同时对...
关键词：RNA二级结构预测 最小自由能 比较序列分析 假结 
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