22周孕龄人胎肝表达序列标签数据更新与初步分析  

作　　者：陈廷贵[1,2] 吴松锋[1] 周钢桥[1] 朱云平[1] 贺福初[1] 

机构地区：[1]蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京102206 [2]山西大学化学生物学与分子工程教育部重点实验室,太原030006

出　　处：《科学通报》2008年第18期2223-2228,共6页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家高技术研究发展计划(批准号:2006AA02A312,2006AA02Z334);国家重点基础研究发展计划(批准号:2006CB910803,2006CB910706);国家自然科学基金(批准号:30621063);北京市科技计划(批准号:H030330280590)资助项目

摘　　要：随着国际上转录组数据及本室22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的不断增加,先前该组织表达谱的研究有必要进行更新与完善.本研究首先将22周孕龄人胎肝每一表达序列标签与自身数据库,UniGene,DoTS,MGC以及Twinscan预测的人类转录组数据库进行比对以归类.然后,经过电子拼接和基因鉴定,对已知基因进行GO(gene ontology)分类,对未知基因进行Pfam和ScanProsite功能预测.最后,对人胎肝、成人肝、骨髓、胸腺及淋巴结这些拥有造血作用或可表明人胎肝特性的5种组织进行了层次聚类分析.结果表明:(ⅰ)与5种最新人类转录组数据库比对,极大地降低了那些属于一个基因但互不交叠的序列被划分到不同簇的可能性,因此在进行EST归类时,推荐与互联网上有关最新数据进行比对;(ⅱ)一些先前未知EST已被鉴定为已知基因,1379个EST被鉴定为本室独有的全新序列;(ⅲ)通过GO分类,对22周孕龄人胎肝有了一个大致了解,同时获得了6个细胞迁移基因和6个造血相关基因;(ⅳ)通过基因功能预测获得了277个模体(profile),其中有5个类型可分布于10个以上基因之中;(ⅴ)层次聚类表明,5种组织关系与它们的功能相一致;(ⅵ)建立了世界上最大的22周孕龄人胎肝表达序列标签数据库.总之,22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的更新与初步分析将有助于对人胎肝造血机制及细胞迁移机制的了解,可促进未来对该组织进行全面深入的研究。

关 键 词：人胎肝 表达序列标签 归类与拼接 基因本体论 层次聚类 

分 类 号：R714.5[医药卫生—妇产科学]