吴松锋

作品数：19被引量：398H指数：8
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供职机构：北京蛋白质组研究中心更多>>
发文主题：生物信息学蛋白质组学蛋白质鉴定蛋白质组质谱更多>>
发文领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
发文期刊：《分析化学》《遗传》《生物化学与生物物理进展》《中国科学：生命科学》更多>>
所获基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划北京市科技计划项目国家自然科学基金更多>>
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从蛋白质基因组学视角出发的精准肿瘤学被引量：1
《生物工程学报》2022年第10期3616-3627,共12页黄雨柔 吴松锋 舒坤贤 朱云平 
国家重点研发计划(2021YFA1301603);蛋白质组学国家重点实验室开放课题(SKLP-O2020005)。
癌症是一种机制复杂的异质性疾病,需要有针对性的精准医疗策略。精准医疗的发展离不开基因组学的飞速发展,但基因组学在分子表型分析中具有一定的局限性,蛋白质基因组学应运而生。蛋白质基因组学是蛋白质组学和基因组学的融合学科。文...
关键词：癌症 蛋白质基因组学 精准肿瘤学 公共数据库 
基于质谱技术筛选差异表达蛋白的统计学策略研究进展
《中国科学：生命科学》2015年第4期347-358,共12页王锦霞 常乘 马洁 吴松锋 庄举娟 朱云平 
国家重点基础研究发展计划(批准号:2013CB910800);国家自然科学基金(批准号:21105121,21475150);国家高技术研究发展计划(批准号:2012AA020201);蛋白质组信息学关键技术及分析系统研发国际合作项目(批准号:2014DFB30010);中央高校基本科研业务费(批准号:3132015159)资助
随着质谱技术的快速发展,蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点,寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要.因此,如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一.目前...
关键词：质谱 蛋白质组学 差异表达蛋白 统计学原理 多重假设检验 
利用串联质谱鉴定氨基酸突变的生物信息学算法被引量：2
《中国科学：生命科学》2014年第11期1113-1124,共12页余庆 吴松锋 马洁 朱云平 舒坤贤 
国家自然科学基金(批准号:21105121,21275160);国家高技术研究发展计划(批准号:2012AA020409,2012AA020201);北京市自然科学基金(批准号:5122013)资助项目
氨基酸突变能够改变蛋白的结构和功能,影响生物体的生命过程.基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学是目前大规模研究蛋白质组学的主要方法,但是现有的质谱数据鉴定流程为了提高鉴定结果的灵敏度往往会有意压缩数据库中的氨基酸突变信息.因此...
关键词：氨基酸突变 串联质谱 鸟枪法蛋白质组学 氨基酸突变鉴定 
非限制翻译后修饰鉴定方法的研究进展被引量：1
《生物化学与生物物理进展》2013年第4期309-318,共10页张成普 李宁 马洁 吴松锋 朱云平 
国家重点基础研究发展计划(973)(2011CB910601,2010CB912700);国家高技术研究发展计划(863)(2012AA020409,2012AA020201);国家自然科学基金(21105121)资助项目~~
蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限...
关键词：串联质谱 蛋白质翻译后修饰 生物信息学 蛋白质组学 
基于质谱的选择反应监测技术相关策略和方法的研究进展被引量：9
《生物化学与生物物理进展》2012年第11期1118-1127,共10页常乘 吴松锋 马洁 张伟 朱云平 
国家重点基础研究发展计划(973)(2011CB910601,2010CB912700);国家高技术研究发展计划(863)(2012AA020409,2012AA020201);国家自然科学基金(21105121)资助项目~~
随着蛋白质组学研究的不断深入,基于质谱的选择反应监测技术(SRM)已经成为以发现生物标志物为代表的定向蛋白质组学研究的重要手段.SRM技术根据假设信息,特异性地获取符合假设条件的质谱信号,去除不符合条件的离子信号干扰,从而得到特...
关键词：定向蛋白质组学 生物质谱 选择反应监测技术 蛋白质特异性肽段 母离子-子离子对 
鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展被引量：10
《生物化学与生物物理进展》2009年第6期668-675,共8页李宁 吴松锋 朱云平 杨晓明 
国家自然科学基金资助项目(20605028,30621063);北京市科技计划资助项目(H03023080590)~~
鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混...
关键词：串联质谱 蛋白质鉴定 蛋白质组装 蛋白质鉴定置信度 鸟枪法 
22周孕龄人胎肝表达序列标签数据更新与初步分析
《科学通报》2008年第18期2223-2228,共6页陈廷贵 吴松锋 周钢桥 朱云平 贺福初 
国家高技术研究发展计划(批准号:2006AA02A312,2006AA02Z334);国家重点基础研究发展计划(批准号:2006CB910803,2006CB910706);国家自然科学基金(批准号:30621063);北京市科技计划(批准号:H030330280590)资助项目
随着国际上转录组数据及本室22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的不断增加,先前该组织表达谱的研究有必要进行更新与完善.本研究首先将22周孕龄人胎肝每一表达序列标签与自身数据库,UniGene,DoTS,MGC以及Twinscan预测的人类转录组数据库...
关键词：人胎肝 表达序列标签 归类与拼接 基因本体论 层次聚类 
蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略被引量：4
《生物化学与生物物理进展》2007年第8期791-799,共9页马洁 吴松锋 朱云平 
国家重点基础研究发展计划(973)(2006CB910803);国家高技术研究发展计划(863)(2006AA02A312);创新研究群体科学基金(30621063)资助项目.~~
当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大...
关键词：蛋白质组学 denovo测序 数据库搜索 新蛋白质鉴定 
密码子偏性的分析方法及相关研究进展被引量：196
《遗传》2007年第4期420-426,共7页吴宪明 吴松锋 任大明 朱云平 贺福初 
国家自然科学基金(创新研究群体科学基金;编号:30321003);北京市科技计划项目(编号:H03023080590);沈阳农业大学青年教师科研基金项目资助~~
密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密...
关键词：密码子偏性 基因表达 遗传密码 
用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法被引量：5
《分析化学》2007年第1期19-24,共6页薛晓芳 吴松锋 朱云平 贺福初 
国家自然科学基金委员会资助项目(创新研究群体科学基金)(No30321003);国家863计划(No2002BA711A11;2004BA711A21);国家973计划(No2001CB510209);北京市科技计划项目(NoH03023080590)资助项目
蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和...
关键词：EM算法 鸟枪法 蛋白无标记定量 质谱数 
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