基于相对熵的蛋白质折叠研究方法的改进  

作　　者：齐立省[1] 苏计国[1,2] 陈慰祖[1] 王存新[1] 

机构地区：[1]北京工业大学生命科学与生物工程学院,北京100124 [2]燕山大学理学院,秦皇岛066004

出　　处：《中国科学（G辑）》2009年第4期549-555,共7页

基　　金：国家自然科学基金(批准号:10574009);北京市自然科学基金(编号:5072002)资助项目

摘　　要：在本课题组以前的工作中,通过优化相对熵函数来预测蛋白质主链的三维结构取得了较好的结果.但是在该方法中接触势的系综平均值采用了一个估计值,为了使基于相对熵的蛋白质结构预测方法在理论上更加完善,该文基于统计热力学微扰理论,提出了一种新的接触势系综平均值的计算方法.选取12个蛋白质对该方法进行了测试,预测结构相对于天然结构的均方根偏差(RMSD)在0.40～0.60nm之间.与接触势的系综平均值采用估计值的方法相比,平均预测精度提高了0.04nm.

关 键 词：蛋白质折叠 相对熵 优化方法 热力学微扰 

分 类 号：Q51[生物学—生物化学]