基于进化保守性的蛋白质相互作用位点预测  

Prediction of protein interaction sites using information of evolutionary conservation

作　　者：程节华[1,2] 程家兴[1] 杜秀全[1] 

机构地区：[1]安徽大学计算智能与信号处理教育部重点实验室,安徽合肥230039 [2]安徽科技学院计算机系,安徽凤阳233100

出　　处：《计算机工程与设计》2011年第5期1833-1836,共4页Computer Engineering and Design

基　　金：安徽省高校自然科学研究基金项目(KJB2007B159)

摘　　要：为了从蛋白质结构数据库中提取经验知识,进行蛋白质作用位点预测,提出了以蛋白质序列谱作为特征向量,采用支持向量机算法进行训练和预测蛋白质相互作用位点的方法。从蛋白质一级序列出发,以序列上邻近残基的序列谱为输入特征向量,采用支持向量机方法构建预测器,来预测蛋白质相互作用位点,预测精度达到70.47%,相关系数CC=0.1919。实验结果表明,利用蛋白质序列谱,结合支持向量机算法进行蛋白质相互作用位点预测的方法是有效的。To extract experience knowledge from PDB and prediction of protein interaction sites, a design method of SVM is presented. Using protein-sequence profile as the feature vectors to predict protein interaction sites. Starting from the protein sequence level, to se- quence spectral sequence of neighboring residues as input feature vectors to predict protein interaction sites. Prediction accuracy of 70.47%, CC = 0.1919. The results show that the use of protein sequence spectrum, combined with SVM algorithm for protein-protein interaction site prediction method is effective.

关 键 词：蛋白质相互作用位点 进化保守性 序列谱 支持向量机 蛋白质结构数据库 

分 类 号：TP39[自动化与计算机技术—计算机应用技术]