基于支持向量机(SVMs)的核心启动子识别方法  

作　　者：徐文韬[1] 叶子弘[1] 俞晓平[1] 

机构地区：[1]中国计量学院生命科学学院,浙江杭州310018

出　　处：《安徽农学通报》2006年第13期71-74,200,共5页Anhui Agricultural Science Bulletin

基　　金：浙江省教育厅项目(No.20060522);中国计量学院自然科学基金项目(No.0100802-0040);中国计量学院第十届学生科研计划项目

摘　　要：本文介绍了TATA-box和GC-box等4类常见的核心启动子元件,并提出了结合位点权重矩阵的基于支持向量机的核心启动子识别方法。正确识别核心启动子的一个决定因素是找到一个最优的判别函数使得测试样本尽可能被正确分类,本文从测试样本的线性分类和非线性分类两个方面阐述了分类过程。核函数的选择是基于SVM的核心启动子识别的关键问题之一。核函数的形式及其参数的确定决定了分类器的复杂程度。实际应用时,可根据需要构建适当的核。

关 键 词：支持向量机 位点权重矩阵 核心启动子 识别 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学]