Bioinformatics Analysis of 4-hydroxy-3-methyl-2-buten1yl diphosphate synthase(HDS) in Populus trichocarpa  

毛果杨1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-二磷酸合酶(HDS)基因的生物信息学分析(英文)

作　　者：刘立辉[1] 李成浩[1] 杨静莉[1] 夏德安[1] 

机构地区：[1]林木遗传育种国家重点实验室东北林业大学,黑龙江哈尔滨150040

出　　处：《Agricultural Science & Technology》2012年第1期1-3,28,共4页农业科学与技术（英文版）

摘　　要：[Objective] This study aimed to analyze the deprotection of acetyl group on amino group. [Method] A simple, convenient one-pot amino protection group of amide removed by thionyl chloride and pyridine via efficient chlorination and hydroly- sis with 1, 2-dichloroethane as solvent at ambient temperature has been developed. [Result] Pyridine is crucial to the reaction; the best solvent is 1, 2-dichloroethane, and the most suitable reaction temperature is the ambient temperature; in addition, the yield is the highest as the molar ratio of pyridine to N-（4-bromophenyl） ac- etamide is 1：1. [Conclusion] The significant features of this protocol include short re- action time, cleaner reaction profiles, under mild reaction conditions and easy purifi- cation, and simple workup that precludes the use of toxic solvents.[目的]研究HDS基因间的同源性及其进化关系。[方法]以毛果杨的HDS基因为研究对象,利用生物信息学软件及网站对其进行碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、保守区以及二级结构和三级结构的预测与分析。并与其他10个物种的HDS基因序列进行多重比对与进化分析。[结果]毛果杨HDS基因的单链mRNA序列长1956bp,编码由656个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白质相对分子质量为72937.03,其中含量最高的是Leu,为10.50%;整个多肽中疏水性氨基酸只占39.63%,有10个亲水区和6个疏水区;与其他10个物种同源性多重比对发现同源性最高达99%。[结论]毛果杨HDS基因处于稳定状态,编码的蛋白为亲水性蛋白,在进化过程中是保守的;试验中获得的保守区段序列信息为新基因的克隆奠定了基础。

关 键 词：DEPROTECTION Thionyl chloride Pyridine AMIDES Acetyl group 

分 类 号：S792.11[农业科学—林木遗传育种]