NWCHEM软件在生物体系中的应用  

The Application of NWCHEM to Biological System

作　　者：张宝花[1] 李国辉[2] 魏帆[1] 刘倩[1] 金钟[1] 迟学斌[1] 

机构地区：[1]中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心,北京100190 [2]中国科学院大连化学物理研究所分子反应动力学国家重点实验室,大连116023

出　　处：《科研信息化技术与应用》2011年第6期113-119,共7页E-science Technology & Application

基　　金：国家高技术研究发展计划(863计划)(2009AA01A130);(2009AA01A137)

摘　　要：生物体系结构和功能比较复杂,对其进行简单的振动柔性分析,研究构象变化以及原子分子之间相互作用势的精确度问题等都非常费时费力。我们可以将研究体系分割成合适的小片段后,使用量子化学程序进行精确计算,再采用MFCC结合REMD技术来研究生物体系精确作用问题。本文使用NWCHEM软件计算不同规模大小的"多肽"体系在深腾7000的不同架构节点上随处理器核数的加速效率,以确定大生物体系分割研究片段的大小和计算采取的处理器核数,并以此分析NWCHEM软件在生物体系研究中的适用性。Because of the complexity of the structure and function of biological system, it is very time-consuming to study even simple behaviors for the system, such as simple vibration analysis, conformational changes of molecules, or potential accuracy between the atoms or molecules. We can divide the biological system into small research pieces, analyze each fragment by using parallel computing technology, and integrate all the fragments into a whole research system by using REMD and MFCC technology. In this paper, we use NWCHEM software to calculate accelerated efficiency for different ＂peptide＂ systems with the aid of DeepComp7000 supercomputer. The purpose of this paper is to determine the proper research fragments and calculated processors, and further to judge whether NWCHEM is suitable for studying on biological systems or not.

关 键 词：NWCHEM 并行计算 深腾7000 多肽 

分 类 号：TP31[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]