硝基二肽类嗜热菌蛋白酶抑制剂的分子动力学研究  

Molecular dynamic simulation of the nitro-based dipeptide compounds as inhibitors against thermolysin

作　　者：郑明花[1] 徐倩倩 方虎林 谢玉忠[1,2] 金京一[1] 

机构地区：[1]延边大学化学系,吉林延吉133002 [2]东北师范大学化学学院,吉林长春130024

出　　处：《分子科学学报》2015年第6期516-520,共5页Journal of Molecular Science

基　　金：国家自然科学基金资助项目(NSFC21062023)

摘　　要：采用分子对接和分子动力学方法,考察了硝基类二肽类化合物抑制剂的侧链结构对嗜热菌蛋白酶(TLN)的抑制效能的影响.计算结果表明:当侧链基团为异丁基时,抑制剂与TLN的活性部位之间形成的氢键数目最多,并可以提高抑制剂与TLN的结合能力.理论计算的结合自由能大小与抑制剂的抑制常数相吻合.以上结果从理论上进一步揭示了硝基类二肽化合物侧链结构对TLN的抑制能力的影响复杂性,即除了一般意义上的疏水作用外,侧链结构的变化导致氢键的形成能力变化也不可忽略.By means of molecular docking and molecular dynamics methods,we investigated the effects of the side chains of the nitro dipeptide inhibitors on the inhibition against thermolysin（TLN）.The results showed that iso-butyl group as the side chain could improve the binding affinity to TLN.The calculated binding free energies of the inhibitors were in agreement with the inhibitory activity order from experiments.These results may be a useful basis for the structure-based design of inhibitor of TLN.

关 键 词：抑制剂 嗜热菌蛋白酶 硝基 构效关系 氢键 

分 类 号：O643[理学—物理化学]