杉木等5种针叶树叶绿体密码子偏好性分析  

Analysis on Codon Usage Bias of Chloroplast Genes from Five Conifers including Cunninghamia lanceolata

作　　者：郑薇玮[1,2] 陈金慧[1] 郝兆东 施季森[1] 

机构地区：[1]南京林业大学南方现代林业协同创新中心林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南京210037 [2]福建江夏学院电子信息科学学院,福州350108

出　　处：《分子植物育种》2016年第5期1091-1097,共7页Molecular Plant Breeding

基　　金："南方现代林业协同创新中心"项目;江苏省优势学科建设工程资助项目(PAPD);福建江夏学院青年科研人才培育基金项目(JXZ2013007)共同资助

摘　　要：研究植物叶绿体基因的编码特点,对指导叶绿体基因工程的研究和遗传转化设计,提高外源基因在目的物种中的高效表达具有重要作用。本文综合使用多种生物信息学分析工具分析杉木、台湾肖楠、日本柳杉、秃杉,以及台湾杉等5种针叶树的叶绿体蛋白编码基因,得到,叶绿体蛋白编码基因的总碱基的构成在5种针叶树中差异不明显,均以A含量为最高;密码子末位碱基构成亦无明显差别;其RSCU值揭示了这5种针叶树不同的密码子偏好性。The analysis of coded characteristics of chloroplast genes is benefit to the genetic engineering, and the efficient expression for exotic genes in target plant. In this study, we used appropriate bioinformatic tools to explore codon usage in the complete chloroplast genome sequences of 5 conifers. The result demonstrated little differences among 5 conifers regarding the composition of total genetic bases, which all held a higher content of base A. There were little differences regarding the base composition at the third codon position as well. The RSCU value indicated the codon usage bias among plants.

关 键 词：杉木 针叶树 叶绿体基因组 密码子偏好性 聚类分析 

分 类 号：S718.4[农业科学—林学]