微生物基因组的生物信息学研究平台的建立  

ESTABLISHMENT OF A NOVEL WEB-BASED BIOINFORMATICS PLATFORM FOR THE STUDY OF MICROBES GENOMES

作　　者：赵贵军[1] 何智良[1] 卢阳[1] 叶兰汀[1] 徐安龙[1] 

机构地区：[1]中山大学生物化学系,广州生物信息中心广州510275

出　　处：《微生物学通报》2002年第4期22-28,共7页Microbiology China

基　　金：国家自然科学基金重点项目(No.69935020)

摘　　要：随着人类基因组计划及其它测序工作顺利进行,人们已经得到了大量的基因序列。如何阐明这些序列的功能和意义,是功能基因组学的主要任务。生物信息学和比较基因组学为加速这一进程提供了有利的工具。该研究建立了对已经完成全基因组测序和部分测序的25种细菌的基因组的生物信息学研究平台,提供了WEB形式的服务(http://202.116.74.108)。25种细菌的全基因组蛋白质序列可以在NCBI的ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geabank/genomes/bacteria下载。该系统可以按照基因序列号、功能和种属名查询基因序列,根据美国国家信息中心(NCBI)的功能代码表对每个基因进行了自动和手工分类,并可查询分类情况,在此基础上建立了几种亲缘关系相近的种属的同源基因相互注释功能的应用。With the advancement in complete sequencing of various genome, preliminary projection of gene function of novel sequences using bioinformatics methods was key to the further study on functional genomes. In this report, a web based program has been used to the gene functional classification , which was carried out according to NCBI COG's code table, and provided gene query interface and gene annotation tool according to homology . Gene functional classification for 24 completed and uncompleted sequencing bacteria genomes have been undertaken and the functional distribution among these genomes was discussed. The database and results could be accessed at http: //202. 116. 74. 108/.

关 键 词：微生物基因组 生物信息学 研究平台 细菌基因组 功能注释 

分 类 号：Q933[生物学—微生物学]